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我有一个脚本可以对蛋白质进行一些计算。完成后，一个方法会导入pymol模块，并使用pymol.cmdAPI 在 PyMOL 会话中显示结果。该过程类似于以下内容：

但是，我的脚本不一定需要在 PyMOL 中显示结果，我希望仅在安装并运行 PyMOL 时才这样做。

检查是否安装了 PyMOL 很容易（我可以try: import pymol），但是有没有办法检查是否有活动的 PyMOL 会话来显示结果？

我正在尝试从 python 脚本（wxpython GUI）调用当前的 PyMOL 会话，然后从 PyMOL 加载一些数据并向 PyMOL 发送一些命令。目前我可以在 python 脚本中打开一个新的 PyMOL 会话：

但实际上我想检查我的 python 脚本是否已经打开了任何 PyMOL 会话。我在这里找到了与该主题相对应的讨论： 仅在 PyMOL 运行时调用函数 在此讨论之后，我尝试在 PyMOL 中调用“打印”函数：

但我在 PyMOL cmd 中看不到任何文本。我试图在此语句之前确定 PyMOL 路径，但我又失败了。

有谁知道如何从 python 脚本调用当前的 PyMOL 会话？

请问 Pymol 是否允许用户通过用户定义的值设置原子颜色？例如，我想通过生化特征为所有原子着色，羽毛被认为是 RGB 值，比如 [RGB] 等于 [feature1 feature2 feature3]，我该如何在 Pymol 中做到这一点？

另外，如果我已经为原子着色，我可以获得颜色值吗？我尝试使用 cmd.getcolor()，但它返回的值不被识别为 RGB 颜色，我可以调用 Pymol 中的任何其他函数来获取原子颜色吗？

我想使用 PyMol 脚本选择蛋白质中某些高度保守的残基（通过评分机制计算并在文本文件中列出 - 每个残基在一行中）。我正在使用的下面的 PyMol 脚本不起作用。如果有人可以帮助我，我将非常感激你。

单独运行时，部分脚本工作得非常好 - Pymol 脚本在脚本中提到残基数时没有从文本文件中导入列表，而仅用于将数字从文件加载到数组中的 python 脚本在运行时也可以正常工作分别地。但是当它在下面的脚本中组合时就会出现问题 - 当需要从数组中获取残基数时，就像我在从文本文件中导入列表之后一样。任何帮助表示赞赏。谢谢！

我想在我的 python 脚本中从 PyMOL 菜单中调用其中一个向导。我的脚本是使用 wx 库的 python 代码。有谁知道是否可以这样做？

我在 wxpython 中使用 matplotlib 创建了一个联系人地图，现在我要做的是与 pyMOL 建立一个“连接”。我希望我的程序像 CM-View 一样，当您将鼠标悬停在联系人地图上的点上时，它会显示 PyMOL 上的 2 个联系人，并在它们之间显示一条线。还有一些事情，比如告诉 pyMOL 只选择 1 个链。所以基本上我想将数据从我的 GUI 发送到 pyMOL 以使其执行某些操作，例如将鼠标悬停在联系人上或告诉 pyMOL 执行某些操作。

我将 PyMOL 分子查看器用作更大程序的子集，为了便于阅读，我将我的文件分解成这样......

我不能只在其他文件的开头添加“import pymol”，因为那样会多次启动程序。我可以只使用一个 .py 文件来解决这个问题，但这会导致源文件过大。

我没有发现任何人对 PyMOL 邮件列表感兴趣，所以我希望有其他方法可以解决这个问题。如果没有，有没有更好的方法来分解代码？我习惯了被 C++ 中的头文件宠坏了，而 Python 项目的架构对我来说有点难以正确处理。

编辑：对于不同的情况，以这种方式跨文件和虚拟编译类使用多重继承是用复杂方法构建 python 项目的好方法吗？

我想编写一个 PyMOL 脚本来改变 XYZ 位置的氨基酸颜色（或者以某种方式在 XYZ 位置放置一些带有标签的标记）。

有人知道怎么做这个吗 ？

谢谢

我想与 PyMOL 中的配体对齐，就像对蛋白质结构进行对齐一样，但我收到一条错误消息：

ExecutiveAlign: mobile selection must derive from one object only

我还将配体复制到单独的 PDB 文件中，将HETATM条目重命名为ATOM，但仍然出现此错误。我想知道为什么 PyMOL 无法对齐这些小分子。

PS：这些配体结构相似，只是坐标不同。

我目前正在使用 python 操作 .pdb （蛋白质数据库）文件。我的最终目标是将 python 脚本转换回 pdb 文件，以便我可以在 VMD 或 PyMol 中运行模拟。有人可以帮忙吗？