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pymol - Pymol 命令行中的氢键分析
我是 Pymol 的新手。如何在选择中打印所有氢键？目前我只能得到一个数字，而选择中还有许多其他氢键。
还有一个地方我可以通过命令行或通过脚本找到 pymol 的综合手册？
我目前的片段是：
如何打印所有的氢键距离？
glm - 如何解决安装pymol时出现glm问题？
我正在尝试在 CentOS 7 系统中安装 pymol。我通过 yum 安装了依赖 glm-devel-0.9.6.3-1.el7.noarch：
sudo yum install glm-devel.
在编译期间，我收到与 glm 相关的错误，如下所示：
谁能告诉为什么会出现这个错误？我将不胜感激任何帮助！
此致。
biopython - 为什么 PyMod3 安装为 PyMol pluing 找不到我的 Biopython 安装？
我刚刚在 PyMolpyl (2.5.0) 中安装了 PyMod3 作为插件。当我尝试通过Plugin-->打开时PyMOD 3.0，出现错误：
但我已经安装了 Biopython（安装了pip install biopython）。我通过在终端中输入 python shell 进行了验证，并且：
我在 macOS 11.6 上，并使用 MacPorts 安装了 PyMOL。仅供参考：
为什么 PyMol/PyMod 找不到我的 Biopython 安装？有没有什么地方可以告诉 PyMOL 在哪里看（biopython 安装在/Users/username/opt/anaconda3/lib/python3.8/site-packages）？
python - pymol 没有从终端启动
所以我在创建 env37 环境后使用 anaconda 安装了 pymol。每次我尝试从终端启动 pymol 时都会抛出以下错误：
“此可执行构建集成并扩展了开源 PyMOL。分段错误（核心转储）”
有没有人遇到过这样的问题？
pymol - 为什么在 PyMOL 中使用 cealign 时“目标”太短？
具体来说，在运行时
我收到以下错误：
如果我查看fitting.pyP yMOL github repo中的相关文件 () ，它看起来好像认为结构中没有原子坐标？不幸的是，文档并没有很好地解释（足以让我理解）需要选择的内容，但我的印象是给出的示例使用了与我尝试过的类似的方法：
我也尝试过async=0, 并尝试选择单个 alpha 碳用作Target和Mobile.
pymol - 我们如何在 PyMol 上搜索特定的氨基酸？
我想知道是否有任何方法可以单击或使用任何命令来查找 PyMol 中的特定氨基酸序列。现在，我必须滚动蛋白质的长度才能获得目标位点，这非常耗时。
如果有任何按钮或命令可以用于此目的，请告诉我。
提前感谢您的回答。
python - Python，pymol - 无法从 Linux 命令行运行 pymol
我在 WSL（Windows 10）上的 Ubuntu 20.04 上安装了 pymol，使用：
我也试过这个达到同样的效果：
但是，当我在命令行上运行 pymol 时，出现此错误：
我应该怎么做才能让 pymol 工作？
pymol - 在pymol脚本中单行编写多行for循环的语法是什么
以下是代码，新行中给出的行应放在一行中以避免错误消息
list - Pymol：如何使用列表索引作为 pymol 函数（对齐）的输入？
我想通过 align 函数获取自动对接生成的每对姿势的 RMSD：
我不想使用姿势的名称作为输入，而是想访问一个包含所有姿势的列表。此列表通过以下方式成功获得：
和
成功打印此列表中位置 x 的姿势。
但是，以下方法不起作用：
产生错误：无效的选择名称“allobjects [1]”
用列表索引提供 align 函数的正确方法是什么？
先感谢您！
pymol - 如何在 Pymol 中执行删除命令的范围表达式？
我正在使用PyMol，到目前为止，我必须编写一个长命令来在拆分状态后删除无用的文件：
我尝试使用正则表达式将其减少为：
但它什么也没做。它不会抛出任何错误，但它也不会做任何事情。
欢迎任何建议。感谢您的阅读！