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我正在按照这个步骤打印我在 pymol 中选择的残基，我发现一些残基被迭代了 1 次以上。有谁知道问题是什么？

选择的残基一共是 29 个氨基酸，这里是输出的结果。

我为 Pymol 准备了一个脚本，它可以很好地评估感兴趣的蛋白质残基列表的 RMSD 值（目标残基由脚本嵌入命令生成）。但是，我希望实现脚本以允许用户选择分析的残留物。我曾尝试使用输入功能，但它无法正常工作。由于代码有点长，我逐步简化了脚本。这样，我最终得到了以下两个脚本：

“测试.py”：

它从“My_function.py”脚本中调用简单的“user_entered”函数：

脚本“test.py”在由 Windows 命令行中的 Python（3.7.5，随 Pymol 2.3.4 安装，在 Windows 7 Prof 下）执行时运行良好。结果示例：[第一个输入表示将处理 2 个病例，然后是每个病例的识别号][1]

但是，当从 Pymol GUI 运行脚本时，我收到以下错误消息： input():lost sys.stdin

有谁知道是什么问题。显然，我是一个非常原始的 Python 用户......

我还想问一些与这个问题相关的问题……在 Pymol 中运行良好的原始脚本中，在尝试实现“输入”选项之前，我暂时存储了一些数据（残基名称、类型和链），形式为一套”。我需要一个集合，而不是一个列表，因为它会自动删除数据重复。但是，当我尝试从 PYthon 运行它（考虑克服上述输入问题）时，它会停止并显示一条消息：未定义名称“close_to_A”。但是，它如下面的代码部分所示，并且确实可以在 Pymol 中使用。

我应该如何在 Python 3 中定义一个集合？为什么从 Pymol 运行时它会起作用？

如果您能帮助我解决这两个问题，我将不胜感激。先感谢您，

此致，

路易斯

我已经在 Windows 上安装了 pymol 的开源版本（https://github.com/schrodinger/pymol-open-source）。

要运行 pymol，我可以在 windows 上打开 python3.8 命令提示符并键入以下内容：

这将启动 pymol gui。

我现在想创建一个简单的 python 脚本，以便我可以单击脚本（或使用例如 pyinstaller 转换为 Windows 可执行文件），但是如果我将上述命令放在脚本中pymol.py然后运行：

python指向python3.8的地方我收到以下错误：

为什么这在命令行 python 上有效，但在脚本中无效，我该如何解决这个问题，以便脚本运行并可以转换为 Windows 可执行文件？

我研究脂质和水的结构。我必须从脂质（第 2 组）中选择低于 4A 的所有水（第 1 组）。我使用了这个命令：

不幸的是，它完成了工作，但程序选择了该区域中的每个 ATOM，只留下 H 或 OH，这是我负担不起的。我应该通过添加来解决这个问题，-seltype whole_res_com但是输出值完全是胡说八道。是另一种选择脂质相 4A 内的所有水残留物的方法吗？提前致谢！

我在 PyMOL 上上传了 100 多个 pdb 文件，我的任务是对它们进行一些分析。一切都很顺利，直到我被要求为每个结构提取配体并突出显示并将它们表示为一个选定的对象，我可以使用它进行进一步分析。

手动执行此操作，您将单击序列查看器，您可以在其中选择分子上的所有配体。但是，我需要为 100 多个结构执行此操作，所以有没有办法可以自动执行任务？我查看了文档并尝试了几种涉及选择代数的不同方法，但到目前为止似乎没有任何效果。有 PyMOL 经验的人可以帮助我吗？

我是 PyMOL 的新手，我正在尝试编写一个 python 脚本来生成一个 .txt 文件并将 PyMOL 命令输出保存到它。假设它有一个包含 pdb 文件名称的数组和一个将每个文件与某个特定蛋白质对齐的 for 循环：

PyMOL 将计算每个对齐的 RMSD。如何编写脚本以获取每个 RMSD 并将其保存到文本文件中？

这是我到目前为止所拥有的：

当我在 PyMOL 上调用该函数时，它会按预期方式获取并对齐文件，但不会创建文本文件。

我正在尝试按照官方网站上的建议通过 Homebrew 包管理器在 Mac 上安装 PyMOL 的开源版本：https ://pymolwiki.org/index.php/MAC_Install#Open-Source_PyMOL 。

在安装过程中，Homebrew 将 pango 依赖从 1.46.1 升级到 1.46.2，删除旧版本，然后在检查时抛出错误。

这个错误来自哪里的任何想法？以及如何解决？

几天前，我在过去几个月使用的一个程序（来自 MGLTools 的广告）遇到了一些问题。我想重新安装它（最新版本），在我看来，这弄乱了我在 Ubuntu 18.04 系统上的 python 系统。或者它甚至可能搞砸了更多的事情。我不得不承认，我对整个系统知之甚少。就像在哪种情况下使用哪个 python 版本，如何访问它等等。

从那以后，我在其他程序上也遇到了一些问题：如果我想运行 pymol，这让我花了 2 天时间才开始运行，我收到以下消息：

我记得很难获得所有正确的版本（python 3.7 和 PyQt5）才能运行最新的开源 pymol。但在某些时候，我让它工作起来没有任何问题。现在，即使我运行 python3.7 并输入，import PyQt5我也不会收到错误消息。所以看起来 PyQt5 工作正常，但也许 pymol 正在尝试使用不同的 python 版本？

另一个程序，我以前可以通过vmd在终端中输入来启动，但由于无法找到该程序而出现错误。我可以通过在我的 bashrc 文件中包含路径来轻松解决这个问题，但现在这是必要的。

export PATH=$PATH:我知道，除了 bashrc 方法（在那个陌生的地方。

所以我希望你们中的一些人能给我帮助或任何提示，我可以在哪里仔细研究以解决这个问题。非常感谢您的帮助 ;-）

我正在尝试使用 miniconda 在 Docker 映像中安装 PyMol 开源代码，lambci/lambda:build-python3.8无论我使用什么版本的 Python，我都会从 miniconda 收到 UnsatisfiableError，但每次它说它需要一组不同的 Python 版本，但总是排除我当前的一。

示例错误消息是

UnsatisfiableError：发现以下规范与您环境中现有的python安装不兼容：

规格：

• pymol-开源-> python[版本='>=2.7,<2.8.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.8,<3.9.0a0|>=3.5,<3.6.0a0']

你的蟒蛇：python=3.7

这似乎很清楚 - 我需要除3.7 之外的任何版本的 Python，但是当我更改 Python 版本时，错误会不断出现。这是我尝试过的 Python 版本以及它说它想要的每个版本

Miniconda 来自https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh在我的 Mac 上使用 conda 安装 相同的pymol-open-source包没有任何问题。

任何人都知道如何解决（甚至调试）这个？或者，更一般地说，如何让 PyMol 在 Amazon Lambda 层中可用？

我只是尝试创建一个小的 Python 脚本，它首先根据系统上安装的 Python 版本安装某个包（PyMOL），然后在用户桌面上创建该程序的快捷方式。

我要创建快捷方式的文件位于 %APPDATA%/python/pythonVERSION/scripts/pymol.exe 中。

第一步完美运行并按预期安装包。然而，第二步在原生 Python 中却是相当困难的。

到目前为止，我能找到的所有解决方案都使用以下软件包：win32com, pythoncom, swinlnk,...

我不想安装我只需要一次的软件包，以便在我正在尝试安装 PyMOL 的每个人的 PC 上创建快捷方式。

那么有没有办法在本机 Python 中创建文件的快捷方式，而无需安装任何类型的 3rd 方包？

只是为了展示一些解决方案，我已经发现：

使用 Python 在 Windows 7 中创建快捷方式文件

https://www.blog.pythonlibrary.org/2010/01/23/using-python-to-create-shortcuts/

如何在 Windows 上创建文件夹的快捷方式？

使用 Python 3.7.1 在 Windows 10 中创建快捷方式文件

Python，使用两条路径和参数创建快捷方式