我从 python 运行脚本到 pymol，一切都很好，直到出现这一行：

我有保存准备好的结构的功能，一切正常，没有发生错误，但背景不透明，它仍然是黑色的。有人能告诉我，这条线有什么问题吗？

我想从几个 pdb 文件中提取信息，使用 cmd python 模块以集成 pymol 来提取信息。更具体地说，我想在 pdb 文件中找到所有金属。

使用 cmd 命令执行此任务非常简单，因为您可以键入 cmd.select ("m", "metals")。但是，这不会打印找到的金属的最终数量。

在互联网上环顾四周，我找到了 Iterate 命令，但我不知道如何使用它。（http://www.pymolwiki.org/index.php/Iterate）。

下面是我的非工作代码。

我正在寻找一个包含 7 个（lentgh）特定氨基酸的每个肽的 pdb 文件的文件夹。我想首先制作一个简单的 linux 脚本来生成一个包含所有 7 个字母组合的文件，如下所示：

我认为这个脚本可以工作，但我不确定：

然后使用和其他简单的脚本，最后一个文件的每一行使用以下命令生成一个带有 pymol 的肽：

我是 linux 脚本的新手。有人可以帮助我吗？谢谢

我想知道pymol中一些原子的位置向量。我可以计算距离，但我需要位置向量。如何获得相对于某些定义坐标系的原子坐标？

假设有两个原子。我怎样才能得到这两个原子的坐标（x，y，z）？必须有一个参考系来计算这些坐标。pymol 中的参考系是什么？

我是python中的菜鸟；我有化学背景，我正在攻读计算化学硕士学位。我正在努力尽可能快地学习计算机科学。我目前不知道如何解决这个错误。我已经用谷歌搜索了这个问题，但答案实际上并不令人满意。如果你们给我有关如何解决此错误的提示，我将不胜感激。谢谢， 清乐

为了使程序正常工作，它使用此文件中的代码，其中包含：

从 RunRMSD 导入 RunRMSD RunRMSD()

从 SumRMSD 导入 SumRMSD SumRMSD()

然后它使用文件（RunRMSD）中的代码，其中包含：

运行 calcRMSD.py 从 pymol 获取原始输出

定义运行RMSD（）：

不确定我的路径是否正确。

我正在尝试运行生物技术软件 pymol。它找不到cmd.py模块。但是，它位于 $PYTHONPATH 中的目录中。

可能是什么问题呢？

如何在 Python 中保存 Pymol 电影？我所能做的就是将帧保存为 png 文件 [cmd.png()] 并播放电影 [cmd.mplay()]。

使用此 PDB 文件和以下PyMOL代码：

我可以制作这个图像：

我想要做的是显示chainC（黄色）中所选残基与chainI（棒）之间的距离。

我想要的chainC的选定残基是这样的：

我怎样才能做到这一点？

我想创建一个循环来更改 PyMol 中的交互名称。但是在一个选择循环之后它崩溃并且不起作用。

在 Pymol 中，交互的默认名称是 dist01、02、03。

我想将这些更改为 1_3、5_59、4_8（残基之间的交互）。

我正在尝试从 python 更改 pymol 中许多对象的颜色。我做了这个 for 循环

从 pymol 我跑

但是 pymol 界面只是打印应该改变颜色的命令，而不改变结构的颜色。