pymol - 如何在pymol中定义坐标系？

Question

我想知道pymol中一些原子的位置向量。我可以计算距离，但我需要位置向量。如何获得相对于某些定义坐标系的原子坐标？

假设有两个原子。我怎样才能得到这两个原子的坐标（x，y，z）？必须有一个参考系来计算这些坐标。pymol 中的参考系是什么？

Answer 1

这是一个从pdb文件中提取数据的简单 Python 函数。它返回一个字典的字典。外部字典由模型编号作为键，内部字典由模型中的原子编号作为键，然后，每一行被读入由相应原子记录中感兴趣的字段键控的字典：

def parsePDB(fname):
    f = open(fname)
    lines = f.read().split('\n')
    f.close()

    modelNum = 1
    multiModel = False
    d = {1:{}}
    for line in lines:
        fields = line.split()
        record = fields[0] if len(fields)> 0 else ''
        if record == "MODEL":
            if multiModel:
                modelNum += 1
                d[modelNum] = {}
            else:
                multiModel = True
        elif record == "ATOM":
            num = int(fields[1])
            atomDict = {}
            atomDict["atom"] = fields[2]
            atomDict["amino"] = fields[3]
            atomDict["chain"] = fields[4]
            atomDict["residue"] = int(fields[5])
            atomDict["xyz"] = (float(fields[6]),float(fields[7]),float(fields[8]))
            d[modelNum][num] = atomDict
    return d

一些测试代码：

d = parsePDB("2HIU.pdb")
atom = d[3][358]
print("atom",358,"of model",3,"is the",atom["atom"], "atom of a", atom["amino"],"amino acid")
print("It is located on residue", atom["residue"], "of chain",atom["chain"])
print("Its coordinates are", atom["xyz"])

输出：

atom 358 of model 3 is the OD1 atom of a ASN amino acid
It is located on residue 3 of chain B
Its coordinates are (13.093, 5.012, -5.549)

这来自文件2HIU.pdb。测试代码中使用的文件中的行如下所示：

ATOM    358  OD1 ASN B   3       6.882   2.397  -4.401  1.00  0.00           O 

这是对应的最里面的字典的样子：

>>> d[3][358]
{'atom': 'OD1', 'chain': 'B', 'amino': 'ASN', 'residue': 3, 'xyz': (13.093, 5.012, -5.549)}

有两个并发症要记住：

1) 并非所有这些文件都有多个模型。事实上，大多数没有并且缺少开头的行MODEL。如果len(d)为 1，则文件中只有一个模型。

2）HETATM记录对应的原子本身不是蛋白质的一部分，但以某种方式与之结合。我完全忽略了这些。您的目的可能要求您使用它们——在这种情况下，您需要调整代码。