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我一直在努力让某些（比如配体或辅助因子）从分子中弹出，就像你在 Photoshop 中选择图层一样。我怎样才能选择某些物体或氨基酸在所有其他图层的前面。例如，我有一个内部带有辅因子的分子的表面表示，但是我只希望辅因子弹出并覆盖在表面之上。

我是 pymol 的基本（初学者）用户，这意味着我刚刚开始使用命令，但我还没有为 pyMOL 编写任何脚本。

我可以为此使用什么样的命令？

我编写了一个 python 脚本来利用 PYMOL API 在 PyMol 中绘制分子。我已经加载了一个几何文件，然后我想改变碳原子的颜色。我使用了cmd.color( "black", selection = "*C" )，但显示了任何更改。我不确定我是否理解颜色函数的所有参数。也许第二个论点有问题？

我有一组 3x3 旋转矩阵和一组对应的配体位姿平移向量。我一直在尝试实现一种 python 方法，在该方法中我将姿势转换为其原点，应用其中一个旋转矩阵，将姿势转换为其原始位置，然后应用平移向量。现在我一直在尝试实现 PyMOL API 命令：cmd.transform_selection()它需要一个选择和一个"ttt"PyMOL 矩阵（https://pymolwiki.org/index.php/Transform_selection）。

我目前的做法如下：

1.) 从原始姿势的 ( orig_pose)，我使用 ProDy 函数来获取坐标 ( org_coords)。

2.）我计算中心；center = np.mean(org_coords, axis=0)，其中中心是一个[x, y, z]矩阵。

3.) 然后我使用cmd.translate()withorig_pose作为选择，和 - center 作为平移向量。

4.）之后我想应用我的旋转矩阵并将其格式化为'ttt'矩阵（例如，[m0, m1, m2, 0, m4, m5, m6, 0, m8, m9, m10, 0, m12, m13, m14, 1]；参见：https ://pymolwiki.org/index.php/Transform_selection ）。然而，它似乎也对这个姿势应用了翻译。

有没有人有使用这个 API 命令的经验，或者遇到过一种方法让我在给定输入（一个 3x3 旋转矩阵和一个平移向量）的情况下转换一个对象？非常感谢您的帮助，谢谢！

所以，我正在编写一个代码来将两个不同的 pdb 文件加载并对齐到 pymol 中，然后从每个文件中保存部分。我需要在几个不同的文件上运行它。不幸的是，当我尝试从 bash 脚本启动 pymol 时，它会出现段错误。如果我只告诉它启动 pymol，它甚至会出现段错误，而当我从命令行启动 pymol（手动输入）时，这种情况永远不会发生。为什么会发生这种情况，我该如何修复或解决 seg-fault 问题？

我尝试减少 bash 脚本只调用 pymol 来确定问题出在哪里，它仍然给出 seg-fault core dumped 错误

编辑：澄清一下， align.sh 是正下方的脚本，它只调用 pymol

我已经在我的 Mac 上下载并使用了 pymol。我从应用程序文件夹中打开它。我可以在其中成功运行 python 脚本。但是，我无法在该脚本中导入任何库。我目前知道将可导入库添加到 python 环境的方式是通过 anaconda navigator。有没有办法让 anaconda 将 pymol 应用程序视为可以添加库的环境？

有没有更简单的方法来添加库？我曾尝试使用 pip install ，但我不太了解它，并且我一直无法找到将 pip install 安装到我的 pymol 环境中的方法。

对不起，如果这个问题有一个非常简单的答案，我是编程新手。

我无法仅对 Pymol 中特定链的残基进行着色。抱歉，这似乎是一个明确的初学者问题。

到目前为止，我只能对所有链上具有特定值（例如 141）的所有残基进行着色。

我正在尝试隔离 dsn6 文件中的某些信息。具体来说，我想找到蛋白质中两个原子周围的电子密度。然后我想运行一个python代码来确定它们两者之间是否存在正电子密度。为了做到这一点，我相信我需要将存储在非常压缩格式的 dsn6 文件转换为我可以理解的格式。

我搜索了将 dsn6 文件（例如通过 CCP4 中的 PyMOL 或 COOT）作为模型查看的方法。但是，我不知道如何将这个解压缩文件作为文本查看。我已经尝试过，但试图弄清楚这些程序如何解压缩/读取文件完全没有成功。

这是一段 dsn6 文件当前的样子：

我希望解压后的 dsn6 文件看起来像 pdb 文件的样子。例如，

我正在编写解析器来解析 PyMOL 文件（生物信息学语言）。我知道双引号字符会生成一个类似"text". 但是单引号字符'不同。这是带有这个奇怪符号的 PyMOL 行的示例。

此报价适用于哪些语言标记？如何为这些线条着色？也许quote-char 是word-char 或分隔符char？在一个示例文件中，我看到了这种引用的用法，它是字符串标记'text'：

这是取自PyMOL GitHub repo的有效代码。

我正在使用 Biopython 对 pdb 文件执行各种操作。随后我想在 Biopython 生成的 Biopython 结构对象中添加一些新的原子。在 Python 中是否有一个好的/推荐的方法来做到这一点。似乎 Biopython 只提供选项来写出 pdb 文件的现有元素，而不是创建新元素。

我可能有比代码相关的更多技术问题。我尝试仅使用 PDB 文件执行 PCA（使用 MDAnalysis 包）——这个 pdb 文件包含 100 个对齐的结构（当然，它们是相同的——这意味着相同类型和数量的原子；它是在 PyMol 中完成的）。

我使用我之前制作的带有标准轨迹的 PCA 代码，但它返回错误“ No covariance information can be collect from asingle track frame ”。

因此，我的假设是 PCA 不能仅使用 PDB 文件完成，或者可以，但我没有正确的 pdb 输入。我想知道是否有人曾经尝试过这样的事情或者对 MDAnalysis 有很好的经验并且可以给我任何建议（我是计算化学的新手）。

我认为，代码并不是那么需要，但是我附上它：