python - pyMOL 中的层或使某些氨基酸“弹出”

Question

我一直在努力让某些（比如配体或辅助因子）从分子中弹出，就像你在 Photoshop 中选择图层一样。我怎样才能选择某些物体或氨基酸在所有其他图层的前面。例如，我有一个内部带有辅因子的分子的表面表示，但是我只希望辅因子弹出并覆盖在表面之上。

我是 pymol 的基本（初学者）用户，这意味着我刚刚开始使用命令，但我还没有为 pyMOL 编写任何脚本。

我可以为此使用什么样的命令？

Answer 1

如果想在表面上覆盖，我看到你这样做的唯一方法是渲染（射线）图像两次，一次是显示蛋白质的表面表示，一次是单独的辅因子。然后在您选择的图像编辑器中覆盖两个 png（当然，以透明背景渲染）。

如果您在 PyMOL 的 3D 视图中需要这两种表示，请增加您的表面的透明度，然后确保只有辅因子是可见的，例如甘草表示。