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我已经在我的 Mac 上下载并使用了 pymol。我从应用程序文件夹中打开它。我可以在其中成功运行 python 脚本。但是，我无法在该脚本中导入任何库。我目前知道将可导入库添加到 python 环境的方式是通过 anaconda navigator。有没有办法让 anaconda 将 pymol 应用程序视为可以添加库的环境？

有没有更简单的方法来添加库？我曾尝试使用 pip install ，但我不太了解它，并且我一直无法找到将 pip install 安装到我的 pymol 环境中的方法。

对不起，如果这个问题有一个非常简单的答案，我是编程新手。

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  • PyMol 安装程序安装自己的 Python3。
  • 要使用系统 anaconda 安装 PyMOL，请使用conda install -c schrodinger pymol.
  • 要在没有 Anaconda的情况下安装，您必须在安装后对其进行编译python3-dev libglm-dev freeglut3-dev libglew-dev libpng12-dev libfreetype6-dev build-essential libxml++3.6-dev，因此非常困难。
  • 从您的系统/conda python（比如在 Mac 上ln -s /Applications/PyMOL.app/Contents/lib/python3.7/site-packages/pymol /Users/myname/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pymol）为pymolegg 文件和薛定谔制造的依赖项apbs freemol glew mengine mpeg_encode mtz2ccp4_px pdb2pqr pmw和 pip 非薛定谔libopenblas或类似的黑客建立符号链接似乎对任何人都不起作用——许多人已经尝试过。

因此，如果你想在 PyMOL 中使用你的脚本并安装一个库，只需在 PyMOL 中调用 python，比如/Applications/PyMOL.app/Contents/bin/python3.7在 Mac 上。在您可能安装的 Linuxconda install -c schrodinger pymol上，无论如何都不会以 1.8 结束，所以这不适用。在 Windows 上，您必须找到它的安装位置（import sys以及print sys.executable在 PyMOL 中）。

所以如果你想在你的 Python 代码中使用 PyMOLconda install -c schrodinger pymol或者如果 pip 编译它。是的，这很浪费，您必须重新添加许可证。
关于此模式，请记住在不显示pymol_argv = ['pymol', '-qc']或不显示的情况下运行__main__.pymol_argv = ['pymol', '-qc']。

于 2019-11-21T15:59:47.077 回答