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我尝试使用 pickle 转储 MDAnalysis.universe 对象，但出现错误消息，例如

任何建议将不胜感激！

我正在尝试安装一个 Python 包名称MDAnalysis，它需要numpy. 问题是python的默认路径是

/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/

但我的包（用 pip 安装）在：

/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages

所以我添加了这个路径，PYTHONPATH但问题现在出现在每个路径中，我有一个不同的版本，numpypython 总是使用第一个路径中的版本，这会导致mach-o, but wrong architecture. 如何删除第一个路径中的版本？pip卸载将删除第二个路径中的numpy，当我转到第一个路径直接删除numpy时，它说文件/文件夹不存在。提前致谢

是否可以在 MDAnalysis 模块中关闭或卸载 Universe？我在 MDAnalysis 页面上没有找到任何此类功能我想用另一个模块修改轨迹，然后在 MDAnalysis 中再次加载它，但我得到以下信息：

在查看了几次文档并花了几个小时尝试各种想法之后，我决定我需要帮助。我正在编写 Python 软件，它逐步完成 RADA 蛋白质的 NAMD 模拟，计算我们感兴趣的不同值。

目前，我的代码逐步执行每个时间步骤，然后逐步执行系统中的每个原子，执行各种分析步骤。

我需要做的是将每个氨基酸合并成它自己的“原子”（氨基酸的单点表示，位于残基的质心）。

我是否能够实例化新的 Atom，并将它们添加到 MDAnalysis Universe 中？我可以用我的氨基酸的质心、人类可读的名称等数据填充这些新的原子吗？

就像是：

我知道如何阅读 NAMD 模拟（.dcd 文件）并且所有原子都表示得很好，但最终，我需要将大约 20 个原子变成一个“平均”原子（用于简化计算）。

MDAnalysis 距离选择命令，如“around”和“sphzere”，从周期性图像中选择原子（我使用的是矩形框）。

但是，来自 PBC 框的原子坐标位于框的另一侧。换句话说，我必须手动平移原子以确保它们实际上在 4 埃的距离内。

是否有使用 select_atoms 函数的选择功能来实现这一点？

我有一个从 MDAnalysis.pca.transform() 生成的形状为 (150017, 5) 的数组 tpcs。我正在尝试将其加载为轨迹以将其可视化。我试过了：

返回错误：

如何将此数组加载到轨迹中？

我正在尝试.crd从 Amber 加载文件，但这失败了，因为它不是 MDAnalysis 期望的格式（请参阅最后的错误）：

如果我可以使用 MDAnalysis 读取 Amber .crd 文件，我看到了这个线程以及我不想使用的这个库。

任何想法为什么它不起作用？如果我在 VMD 中加载轨迹，我正在使用这个命令（并且它有效）：

我正在尝试使用 MDAnalysis ( MDAnalysis.__version__ == 0.17.0) API 函数principal_axes()并moment_of_inertia()为一组选定的原子计算这些矩阵，如文档中所述：

输出：

这看起来不对，原因之一是它U'IU不是文档中提到的对角线：

也许我需要将蛋白质与质心对齐，以计算相对于它的惯性矩。

我正在尝试关注这篇文章，但它无法在 Jupyter 笔记本中显示 PDB：

当我尝试这样做时：

我得到：

2020 年 2 月编辑：如果您使用的库将其代码正确更新为 python3，我相信这不再是问题：python 3.x ImportError: No module named 'cStringIO'，现在应该没问题，因为不推荐使用 python2 .

我是 Python 和 MDAnalysis 的新手。我正在尝试使用 MDAnalysis 进行分析。但是，我遇到了这个错误：

SelectionError: Selection failed: could not convert string to float 'cold'.

我想选择名为“BF4”、“EMI”和“TMA”的分子。选择取决于分子的 z 位置。我有cold，cnew但我无法将每个分子的 z 坐标值与这两个值进行比较，因为它们被视为字符串而不是浮点数。

请你帮助我好吗？非常感谢