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我正在尝试.crd从 Amber 加载文件，但这失败了，因为它不是 MDAnalysis 期望的格式（请参阅最后的错误）：

topology = 'top.prmtop'
trajectory = 'amberOut.crd'
u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)

如果我可以使用 MDAnalysis 读取 Amber .crd 文件，我看到了这个线程以及我不想使用的这个库。

任何想法为什么它不起作用？如果我在 VMD 中加载轨迹，我正在使用这个命令（并且它有效）：

vmd -parm7 top.prmtop -crdbox amberOut.crd

Traceback (most recent call last):
  File "analysis.py", line 5, in <module>
    u = MDAnalysis.Universe(topology, trajectory)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 305, in __init__
    self.load_new(coordinatefile, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/core/universe.py", line 535, in load_new
    self.trajectory = reader(filename, **kwargs)
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/base.py", line 1943, in __init__
    self._read_first_frame()
  File "/anaconda3/envs/mdaenv/lib/python2.7/site-packages/MDAnalysis/coordinates/CRD.py", line 73, in _read_first_frame
    natoms = int(fields[0])
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '96.380'
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在命令中使用Universe的format="TRJ"关键字参数：

u = MDAnalysis.Universe("top.prmtop", "amberOut.crd", format="TRJ")

您说您将 VMD 与“crdbox”一起使用，并且 MDAnalysis 将“crdbox”扩展名识别为Amber ASCII 轨迹。但是，您用于文件的“crd”扩展名已用于 CHARMM 坐标文件（“CRD”文件），因此您需要明确指定Universe.

（如果您为轨迹提供扩展名“crdbox”或“trj”，例如“amberOut.crdbox”或“amberOut.trj”，则 MDAnalysis 将自动将其识别为 Amber ASCII 轨迹。但是，您始终可以使用覆盖格式检测显式format关键字参数。）

更新：基于这个问题，我们更新了 Amber 轨迹阅读器的 MDAnalysis 文档，以包含有关如何阅读 Amber“crd”轨迹的注释。

于 2018-02-13T22:35:45.277 回答