问题标签 [vmd]

我的轨迹包含 75 帧（*.dcd 文件）。但是当我尝试通过 tcl 命令计算帧数时：

我得到的数字要低得多，即 3。

那么我怎样才能得到正确的帧数呢？

PS：我知道我可以使用VMD来达到这个目的，但是轨迹文件在远程计算机上，我需要运行几个计算，比如RMSD，这取决于通过代码的帧数（没有图形界面）。

嘿，我正在开发的一个程序使用 pdb（蛋白质数据库）文件并计算所有原子之间的距离。我有一个代码可以做到这一点，但是我的个人和工作计算机没有足够的计算能力来完全执行程序而不会崩溃我运行它的程序（VMD-视觉分子动力学）。然而，我确实可以使用超级计算机，但它只运行 perl 脚本。该代码是为 VMD 扩展 TK 控制台编写的。有没有办法可以使用 perl 来执行我的 tk 控制台代码？下面是代码：

这会对加载到 VMD 中的 pdb 文件进行计算。任何帮助或建议将不胜感激。

我在 VMD（视觉分子动力学）中使用 tk 控制台运行代码。我遇到的第一个问题是代码占用了我的计算机过多的处理能力并导致 VMD 关闭。我认为这是因为我让它将每个结果都打印到文件中。我真的只需要查看距离小于 20 的结果。下面是导致 VMD 关闭的原始代码：

以下是我所做的修改，仅在距离小于 20 时才打印值：

运行第二个代码时收到的错误消息是“无效的命令名称”26.774817104116487“”

如果有人能给我第二双眼睛，让我知道发生了什么，我将不胜感激！提前致谢！

有谁知道一个完整的教程来学习编写 Python 或 TCL 脚本？我想编写一个脚本来加载一个分子，对其进行 3 种表示，并更改每个分子的属性（如着色方法、绘图方法、等值等），最后渲染图像。

我完成了本教程，但它教给脚本的只是加载一个分子并选择原子。 http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node4.html

是否有任何资源可以学习编写脚本来执行更高级的 vmd 操作？

我正在做这个教程，它是关于使用 TCL 在 VMD 中编写脚本的。在第 5 步的第 7 个点处，“ .r ”simdata($i.r)是什么意思？

我有一组 dcd 文件，我想将它们连接成一个（长）dcd 文件。我在 VMD Tkconsole（VMD 版本：1.9.2）中输入了以下代码：

我有以下错误：

所以我写道：

即使该catdcdList命令已被识别（以绿色显示），我仍然收到完全相同的错误消息。我尝试对我的请求进行一些小改动，但我不断收到上述错误消息。来自官方 catdcd 网页的第二个示例也不起作用。

如何在 vmd 中打开一个 psf 文件，然后仅使用行命令为此 psf 文件加载多个帧（dcd 文件）？我有数百个 dcd 文件，我不想手动执行此操作。

我一直在尝试在支持 python 的 Macbook 上安装 VMD1.9.2，但一直未能成功。在我看来，VMD 的打包 .dmg 文件没有 Python 支持。我使用该命令vmdinfo options找到了安装我的 VMD 的选项MACOSXX86 FLTKOPENGL FLTK TK ACTC CUDA IMD LIBSBALL LIBTACHYON VRPN NETCDF TCL PTHREADS SILENT，结果表明它不支持 Python。我的问题 - 有没有一种简单的方法来添加 python 支持而不是从源代码编译？我只是在将 .dmg 文件解压缩到 Applications 文件夹后将应用程序拖动到应用程序文件夹中。以这种方式安装时我做错了吗？还有其他方法吗？

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我是计算生物学的新手。我正在使用鬼脸来模拟蛋白质。我尝试在 VMD 中可视化蛋白质，但失败了。VMD 打开，但是当我选择 .pdb 文件并单击上传时，我看不到蛋白质。同样，我可以创建 .xvg 文件。但是当我尝试在 xmgrace 中打开它时，我得到了一个没有绘图的图表。

我错过了一些图书馆或其他东西吗？

我正在使用 Mac OS X 优胜美地

预先感谢您的帮助

我正在尝试使用该atomselect命令删除.gro文件中蛋白质区域内的脂质。由于它是一个马提尼粗粒度文件，我可以将关键字resname用于残基名称和name/或type珠类型（我的伪原子）。所以没有定义默认的单字。

我用命令试了一下：

并得到以下错误：

错误）选择过早终止

ERROR) 语法错误 atomselect: 无法解析选择文本: all not resname DPPE DOPE POPE POPG 在 resname 的 1 内 ALA ARG ASN ASP CYS GLN GLU GLY HIS ILE LEU LYS MET PHE PRO SER THR TRP TYR VAL

所以显然我没有得到正确的语法。我尝试了几个不同的版本并将resname选择存储在变量中，但没有任何效果。我该如何解决这个问题？