如何在 vmd 中打开一个 psf 文件，然后仅使用行命令为此 psf 文件加载多个帧（dcd 文件）？我有数百个 dcd 文件，我不想手动执行此操作。
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2 回答
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您是否尝试过以下操作？
mol new yourfile.psf waitfor all
mol addfile yourfile1.dcd waitfor all
mol addfile yourfile2.dcd waitfor all
...
mol addfile yourfileN.dcd waitfor all
如果您有数百个 dcd 文件，您可以在 bash shell 中使用以下内容创建 vmd 命令列表：
for i in *dcd ; do printf "mol addfile %s waitfor all\n" $i ; done > your_vmd_script.tcl
并在您在 vmd 中打开 psf 后获取：
mol new yourfile.psf waitfor all
source your_vmd_script.tcl
但请确保您正在加载的数据量不超过系统的内存，否则它将开始交换到磁盘并变得无响应。
于 2015-08-13T14:53:28.947 回答
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我建议先使用 catdcd 将 dcd 文件连接在一起。http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/catdcd/
然后你可以用你的 psf 文件加载一个巨大的 dcd 文件。
要使用 catdcd：
catdcd -o output_file.dcd file1.dcd file2.dcd ... last_file.dcd
于 2016-07-05T18:38:15.343 回答