我有一组 dcd 文件，我想将它们连接成一个（长）dcd 文件。我在 VMD Tkconsole（VMD 版本：1.9.2）中输入了以下代码：
catdcd -o output.dcd -i indexFile.ind input1.dcd input2.dcd input3.dcd
我有以下错误：
wrong # args: should be "catdcdList dcdFileNames outFile indexFile stride"
所以我写道：
catdcdList -d input1.dcd input2.dcd input3.dcd -o output.dcd -i indexFile.ind -s 1
即使该catdcdList命令已被识别（以绿色显示），我仍然收到完全相同的错误消息。我尝试对我的请求进行一些小改动，但我不断收到上述错误消息。来自官方 catdcd 网页的第二个示例也不起作用。
我的 ubuntu 15.10 笔记本电脑上的 catdcd 也遇到了同样的问题。
为了让它工作，我将 catdcd 目录添加到我的 PATH 中。
如何做到这一点（注意，我的说明将 catdcd 永久添加到 PATH）：
1) 进入 /home/user 目录。使用 ls -a 命令，您应该会看到一个名为 .bashrc 的文件（不要忘记“.”；它很重要，意味着该文件是隐藏文件）。
2) 使用 gedit（或类似的文本编辑器）打开 .bashrc。如果需要，您可以备份 .bashrc（例如 cp .bashrc ./.bashrc_bkup）。
3) 在 .bashrc 的末尾，附加以下内容：
此目录是配置 VMD 1.9.2 时安装的默认目录。请注意，您可能安装了不同版本的 catdcd（例如 catdcd4.0，它来自 VMD 网站）。在任何情况下，您都需要在计算机上找到与 catdcd 文件对应的目录。
4）关闭并再次打开终端。键入 $PATH 命令以确保该目录现在存在。
5) 您应该能够在终端中键入“catdcd”（无需打开 vmd），它现在应该能够识别该命令。您还应该能够在 tkconsole 中使用 catdcd，但我发现在终端中使用它更容易。