tcl - 如何在 tcl 脚本中获得准确的帧数？

Question

我的轨迹包含 75 帧（*.dcd 文件）。但是当我尝试通过 tcl 命令计算帧数时：

set id [molinfo top get id ]
puts [molinfo $id get numframes]

我得到的数字要低得多，即 3。

那么我怎样才能得到正确的帧数呢？

PS：我知道我可以使用VMD来达到这个目的，但是轨迹文件在远程计算机上，我需要运行几个计算，比如RMSD，这取决于通过代码的帧数（没有图形界面）。

Answer 1

这是一个老问题，但我找到了解决方案并希望它对其他人有所帮助。

问题：VMD 默认不（阻塞）加载所有帧

当并非所有帧都加载时，我遇到了您的 VMD 仅出现几帧的问题。从VMD focumentation，强调我的：

mol addfile waitfor: ... 在返回之前要加载多少帧；默认值为 1 ... [additional] 帧将在后台加载... 如果 frames 为 -1 或 all，则在命令返回之前，将立即加载所有仍在进行中的文件中的所有帧 ...

因此，默认情况下，我们只希望加载一帧，除非我们指定 waitfor 。如果有更多帧（例如加载了 3/75），那是因为 VMD 在后台加载了更多。

解决方法：加载时使用waitfor

特别是在加载时，我建议执行以下操作：

set id [mol new "example.psf"]
mol addfile "example.dcd" waitfor all molid $id;
set n_frames [molinfo $id get numframes]
puts "There are $n_frames frames"

关键部分是以下行：

mol addfile "example.dcd" waitfor all molid $id;

如上所述，其中使用了“waitfor”标志。