问题标签 [mdanalysis]
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python - 使用 MDA 分析的 PCA (python3.7)
我开始在计算化学领域工作，并被要求对分子动力学的一些轨迹进行主成分分析。我被告知要使用 MDAnalysis 包，因此我在他们的页面上找到了一个教程并尝试遵循它（但我当然包含了我自己的输入）以查看它是否会起作用。我从来没有做过像这个广告这样的分析我也是 python 编码的新手。我附上了受教程启发的代码。但它对我不起作用，它引发了很多错误，其中一个错误是它不能接受我的输入（拓扑是 PDB 文件，坐标是 XTC 文件），但那些是以支持的格式列出的格式或其他错误是未定义“PCA 类”。我没有找到很多关于使用其他人的 MDA 分析处理 PCA，因此我希望在这里我能找到一个人，谁曾经做过这样的事情并且可以帮助我。我已经尝试过相关的 subreddits，但没有结果。
bioinformatics - 我可以仅使用 PDB 文件进行 PCA（在 python3.x 中使用 MDAnalysis）吗？
我可能有比代码相关的更多技术问题。我尝试仅使用 PDB 文件执行 PCA（使用 MDAnalysis 包）——这个 pdb 文件包含 100 个对齐的结构（当然，它们是相同的——这意味着相同类型和数量的原子；它是在 PyMol 中完成的）。
我使用我之前制作的带有标准轨迹的 PCA 代码，但它返回错误“ No covariance information can be collect from asingle track frame ”。
因此，我的假设是 PCA 不能仅使用 PDB 文件完成，或者可以，但我没有正确的 pdb 输入。我想知道是否有人曾经尝试过这样的事情或者对 MDAnalysis 有很好的经验并且可以给我任何建议（我是计算化学的新手）。
我认为，代码并不是那么需要，但是我附上它：
python - 分析时python3.x中出现意外的MemoryError
我是计算化学家，使用 python 代码（通过 jupyter notebook）来分析我的系统。今天，在进行主成分分析并尝试绘制一些结果时，它返回 MemoryError。我尝试通过谷歌搜索找到原因，建议是查看我是否使用 34 位版本，但我确信这不是我的问题（此外 - 我正在使用带有 Linux 的 PC）。另一个建议 - 删除一些东西......所以，我删除了一些不再需要的更大文件 - 它没有帮助。然后我找到了一些建议，这些建议是针对其他人提出的特定任务而提出的，而这些不是我的主题。
特别是，使用用于 PCA 的 mdanalysis 包和使用内联 matplotlib 会发生 MemoryError。
python - python的问题：未定义的符号：sqmI
我已经在我的 Ubuntu 上安装了这个包：pyinteraph.py 安装后，我遇到了这个问题：
我不知道如何解决它
python - 使用 MDAnalysis 从 MD 轨迹文件中提取一个链
我想使用 MDAnalysis 从我的分子动力学轨迹（xtc 文件）中提取一条链。我希望它非常简单，但是发生了错误，我不确定为什么会得到它。这是代码：
它返回错误： AttributeError: AtomGroup has no attribute segids
在 MDAnalysis 页面上，“segid”与“.select_atoms”一起使用。问题是我有轨迹文件而不是经典 PDB 文件吗？
python - 来自其 dcd 文件的水分子的时间序列数据
我正在尝试制作一个文件，其中包含来自 dcd 文件的水分子的时间序列数据。是否可以使用任何 MDAnalysis 模块或函数生成此数据？或者是否有任何 python 脚本来生成这个文件？
我需要使用 DCD 文件作为输入来生成包含两列的文件（一列具有水分子的 z 坐标，第二列具有相应的时间步长）。
python - 将残留物 ID 添加到由水坐标的时间序列数据组成的 numpy 数组中
我得到了这个用于生成水分子时间序列数据的脚本，我想在生成的矩阵中再添加一个标题行，其中包含水分子的残基 ID。有人可以帮忙修改这个脚本吗？谢谢！
python - 关于使用 MDAPackmol（python 中的 packmol）的问题
我想为我的研究使用用于 packmol (MDAPackmol) 的 python 包装器。为此，我尝试使用GitHub 上提供的示例代码和 pdb 文件，以便了解如何使用包装器。但是，当我运行代码时，我收到以下错误消息：ValueError: invalid literal for int() with base 10.
这是完整的追溯：
错误源于start.resname零长度字符串。具有数字和字母的 resname 似乎有问题，因此Universe（返回的对象load_packmol_output）有问题。因此，残留物存在问题。我现在想知道这是否是 MDAnalysis 下载/安装方式的错误或缺少依赖项。任何建议或见解将不胜感激。谢谢！
python-3.7 - NameError：名称“pbc”未定义
您好，我正在通过 python-3.7 学习 MDAnalysis。请您检查我的代码并建议如何解决以下错误：
代码（部分）如下：
python - 使用 MDAnalysis 获得径向分布函数
我在 GROMOS54a7 中运行一个简单的苯模拟。我想使用 MDAnalysis 1.0.0 计算每个苯分子质心的 RDF。
这可能吗？我使用 Jupyter Notebook 中的以下代码为 C 分子 g_cc(r) 创建了 rdf：
我想获取每个苯分子（每个苯分子在我的模拟中都是一个残基），计算它的 COM 并在上面运行一个类似上面的脚本。有可能做这样的事情吗？
关于 RDF 的一般性问题：我上面使用的方法是否使用我轨迹的每一帧来构造 RDF？我不知道这是否在文档中明确，所以如果这是一个明显的问题，我深表歉意。
感谢您的任何建议！