问题标签 [mdanalysis]

我正在尝试在 Google Colaboratory 上安装和导入MDAnalysis和 MDAnalysisTests 库，我尝试了三种方法，但没有任何效果：

1. 使用默认值：!pip install library

但我得到：

我读到这种错误与缺少补充库或其他东西有关，但我不知道在哪里可以找到更多信息，所以我希望，也许这个论坛中的某个人知道 MDAnalysis 是否需要特定的东西。我不知道egg_info是什么，搜索我在这里找到了一个带有代码中文本#egg=的示例，但我在最后一次尝试中更多地讨论了这个选项。

2. 使用默认值：!apt-get -qq install -y library

输出：

两者都不起作用。

3. 来自 GitHub

在一个预览问题中，我发现我可以从 GitHub 导入库！惊人的！（老实说，我根本不懂语法），所以我查找了MDAnalysis GitHub 存储库并编写了以下代码：

输出：

我发现了 git+git:, git+ssh: 的变体，但没有用。

这是 MDAnalysis 在 Colab 上工作的特定问题吗？还是代码有问题？我什至尝试通过“mdanalysis”更改“MDAnalysis”。我在这个论坛上按照Colab 的指南安装和预览问题，但我没有结果。感谢阅读。

我有一个 pdb 文件，它是一个更大系统的子集。这个 pdb 很特别，因为我有一些基于这个文件坐标系的向量。我想将这些向量和该系统的基向量绘制到 pdb 上。最终，我想在向量和基向量通过一些 MD 模拟时可视化它，在该模拟中，我会根据轨迹随时间推移更新向量位置。

首先，我想阅读一个 pdb，它的坐标定义了基向量，这些基向量进一步定义了我想要可视化的其他向量。现在我在 MDAnalysis 中使用这个类： https ://docs.mdanalysis.org/1.0.0/_modules/MDAnalysis/coordinates/PDB.html#PDBReader

这有效，它读取 pdb 就好了，但返回此变量类型

我想这并不奇怪，但我希望能够打印这个变量并获得一些坐标位置和原子类型的数组。我也很想看到债券，但这不是必需的。现在，当我打印时，我得到

我想要一些看起来像的东西

谢谢，

阅读完文档后，我仍然无法找到一种方法来使用 MDAnalysis 在我的 pdb 文件中选择一个特定的原子。

对于我的项目，我基本上是在施加的电场中通过膜通道拉氯化物。我想使用 MDAnalysis 来专门选择正在通过通道推送的这种氯化物。不幸的是，这不是同一系统甚至段中唯一的氯化物，因此选择重命名或段对于确定我想要跟踪的氯化物没有用处。本质上，我将使用 MDAnalysis 进行计算，该计算使用一种特定氯化物的轨迹来计算位移电荷函数。我很难编写代码来告诉 MDAnalysis 我想要那个特定的氯化物。

我在 NAMD 中区分这一点的方法是使用索引号，但我无法在他们的文档中找到在 MDAnalysis 中使用此数字的方法，如果有人有使用 pdb 索引号而不是段名和 id 或链接的经验，我将不胜感激文档的相关页面（如果存在）。

谢谢！

我有个问题。我从这里使用脚本https://github.com/NMRLipids/MATCH/tree/master/scripts 我使用 Python 2.7（Anaconda，我安装了 MDAnalysis，numpy 等）我首先使用这个脚本

然后我使用了这个脚本（因为 order parameters_calculate.sh 的最后一行是

这是 calcOrderParameters.py 的完整代码

然后我得到一个错误

我不知道为什么我有这个错误。我有 defFILE.def - 当我在终端中写 ls 时，我有

我的 defFile.def：

可能是什么问题？？？

我一直在尝试使用一种特定离子的部分电荷在 mdanalysis 中进行计算。我已经尝试过（这只是我知道抛出错误的代码片段）：

但我不断收到与此相关的错误。

当它通过循环以在 MD 分析中获得电荷时，我将如何选择这个特定的原子？在我将 q 设置为等于一个常数并且代码运行良好之前，所以我知道只有这一行会引发错误：

q = Cl.total_charge(Cl.position[coord][2])

谢谢您的帮助！

所以我有一个系统，我需要能够确定我的离子的确切位置并在该离子的平均位置上运行一个方程。我发现我的离子位置不一致，因为一些离子穿过周期性边界并严重改变了那个窗口的位置。当离子刚刚在 +40 和 -40 之间移动时，导致我平均说 +20。

我想通过实施一种方法来解开包装盒边缘的离子的包装坐标来纠正这个问题。

本质上，我在想，对于我轨迹中的每一帧，MDAnalysis 会检查 ION 1 在第 1 帧中的位置。然后在第 2 帧中，它会再次检查相同的离子并将其与之前的位置进行比较。例如，如果它从 + 坐标变为 - 坐标，那么我会有一个添加 +1 的计数，这意味着它包裹了一次。如果它从 - 变为 +，我会让它减去 1。然后在所有帧结束时，我会有一个数字，可以帮助我确定如何执行我的分析。

但是我的编码技能并不乏味，我想知道我将如何实现这一点？我基本上已经倒计时了，但是帧之间的比较是我感到困惑的地方。我将如何进行这种比较？

提前致谢

我看到这个错误，需要帮助！

warnings.warn("无法猜测以下原子类型的质量：{}".format(atom_type)) Traceback（最近一次调用最后一次）：文件“traj_residue-z.py”，第 48 行，in protein_z=protein。质心（） [2] IndexError：索引 2 超出轴 0 的范围，大小为 0

我正在尝试运行这个（python3 traj_orientation-group.py -g fnIII-9_ps20_Nchain6_T298_nw.gro -x fnIII-9_ps20_Nchain6_T298_nw.xtc -o fnIII-9_ps20_Nchain6_run1.phrsn-orientation --protein_res_start 1 --protein_res_stop 89 --group 51 52 5354 55）用于MD分析，我得到以下内容：

用法：traj_orientation-group.py [-h] [-g GROFILE] [-x XTCFILE] [-o OUTFILE] [--protein_res_start PROTEIN_RES_START] [--protein_res_stop PROTEIN_RES_STOP] [--group GROUP [GROUP ...]] traj_orientation-group.py：错误：无法识别的参数：–group 51 52 53 54 55

你能帮忙吗！

我一直在试图弄清楚这个非常依赖于收费的过程。但是，我发现，对于水，我得到的水分子电荷总和的值不等于 0。为了对此进行调查，我想比较 MDAnalysis 和我的拓扑文件使用的费用值，看看问题可能出在哪里。

在我的初始代码中，我可以使用以下方法来收取费用：

这对我有用

因此，为了查看这种差异可能来自哪里，我尝试了：

但我得到了错误： 那么我将如何制作一个文件来显示哪个原子对应于哪个电荷？

指标不一样吗？谢谢你的帮助！

我有一些使用 MDAnalysis 的工作代码，它将质量时间序列的残差中心保存在一个数组中，但我想知道是否有更 Pythonic 或整体高效/快速的方式（理解、数组操作......）来做到这一点。

我正在使用的 .pdb 和 .xtc 文件可以在以下链接中下载： https ://submission.gpcrmd.org/dynadb/files/Dynamics/11579_dyn_169.pdb https://submission.gpcrmd.org/dynadb/files/动态/11576_trj_169.xtc