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我正在尝试关注这篇文章，但它无法在 Jupyter 笔记本中显示 PDB：

import MDAnalysis as mda
import nglview as nv
from nglview.datafiles import PDB, XTC

u = mda.Universe(PDB, XTC)

protein = u.select_atoms('protein')

当我尝试这样做时：

w = nv.show_mdanalysis(protein)
w

我得到：

---------------------------------------------------------------------------
ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-499e28f0ffd3> in <module>()
----> 1 w = nv.show_mdanalysis(protein)
      2 w

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/nglview-0.4-py3.5.egg/nglview/__init__.py in show_mdanalysis(atomgroup, **kwargs)
    118     '''
    119     structure_trajectory = MDAnalysisTrajectory(atomgroup)
--> 120     return NGLWidget(structure_trajectory, **kwargs)
    121 
    122 

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/nglview-0.4-py3.5.egg/nglview/__init__.py in __init__(self, structure, trajectory, representations, parameters, **kwargs)
    347         if parameters:
    348             self.parameters = parameters
--> 349         self.set_structure(structure)
    350         if trajectory:
    351             self.trajectory = trajectory

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/nglview-0.4-py3.5.egg/nglview/__init__.py in set_structure(self, structure)
    372     def set_structure(self, structure):
    373         self.structure = {
--> 374             "data": structure.get_structure_string(),
    375             "ext": structure.ext,
    376             "params": structure.params

~/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/nglview-0.4-py3.5.egg/nglview/__init__.py in get_structure_string(self)
    313                 "'MDAnalysisTrajectory' requires the 'MDAnalysis' package"
    314             )
--> 315         import cStringIO
    316         u = self.atomgroup.universe
    317         u.trajectory[0]

ModuleNotFoundError: No module named 'cStringIO'

2020 年 2 月编辑：如果您使用的库将其代码正确更新为 python3，我相信这不再是问题：python 3.x ImportError: No module named 'cStringIO'，现在应该没问题，因为不推荐使用 python2 .

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1 回答 1

1

我会尝试通过 conda（和 Anaconda 发行版）安装干净的nglview：

尝试卸载 nglview

conda remove nglview

以防万一有旧版本。如果这个 conda-remove 失败，那么这个包可能是pip或easy_installed。试试pip remove nglview。如果这仍然没有帮助，您必须查找已安装的 nglview 包并手动将其删除，rm但我不想在此处放置复制和粘贴说明，因为这需要仔细查看文件。

删除所有 nglview 痕迹后，从 conda-forge 频道安装最新版本的nglviewconda：

conda install -c conda-forge nglview
于 2020-02-06T19:20:27.913 回答