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我有一个从 MDAnalysis.pca.transform() 生成的形状为 (150017, 5) 的数组 tpcs。我正在尝试将其加载为轨迹以将其可视化。我试过了：

 u = mda.Universe(trjpath+'md.gro', tpcs)

返回错误：

ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-80-ea97f213be3c> in <module>()
----> 1 u = mda.Universe(trjpath+'md.gro', tpcs)
/nfs/homes/kreidy/Library/mdanalysis/package/MDAnalysis/core/universe.pyc in __init__(self, *args, **kwargs)
    276             else:
    277                 coordinatefile = args[1:]
--> 278             self.load_new(coordinatefile, **kwargs)
    279 
    280         # Check for guess_bonds
/nfs/homes/kreidy/Library/mdanalysis/package/MDAnalysis/core/universe.pyc in load_new(self, filename, format, in_memory, **kwargs)
    424         kwargs['n_atoms'] = self.atoms.n_atoms
    425 
--> 426         self.trajectory = reader(filename, **kwargs)
    427         if self.trajectory.n_atoms != len(self.atoms):
    428             raise ValueError("The topology and {form} trajectory files don't"
/nfs/homes/kreidy/Library/mdanalysis/package/MDAnalysis/coordinates/memory.pyc in __init__(self, coordinate_array, order, dimensions, dt, filename, **kwargs)
    275                                  "does not match the shape of the coordinate "
    276                                  "array ({})"
--> 277                                  .format(provided_n_atoms, self.n_atoms))
    278 
    279         self.ts = self._Timestep(self.n_atoms, **kwargs)
ValueError: The provided value for n_atoms (132506) does not match the shape of the coordinate array (5)

如何将此数组加载到轨迹中？

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您只能将加载 3 维数据存储在 gro 文件中。您使用的 PCA 空间是 5 维的。除了用 MDAnalysis 可视化 PCA 空间之外，它也不起作用。您可以使用 gromacs 来显示 PCA 识别的状态之间的非物理变形。

各个 PCA 组件是可以使用 matplotlib 绘制的集体变量。单独或成对。有关PCA 空间的可视化以及如何使用 MDAnalysis 和 Gromacs 可视化 PCA 找到的状态，请参阅此要点。

于 2017-07-27T21:07:52.190 回答