bash - 当且仅当从 bash 脚本调用 Pymol 时才会给出 seg-fault

Question

所以，我正在编写一个代码来将两个不同的 pdb 文件加载并对齐到 pymol 中，然后从每个文件中保存部分。我需要在几个不同的文件上运行它。不幸的是，当我尝试从 bash 脚本启动 pymol 时，它会出现段错误。如果我只告诉它启动 pymol，它甚至会出现段错误，而当我从命令行启动 pymol（手动输入）时，这种情况永远不会发生。为什么会发生这种情况，我该如何修复或解决 seg-fault 问题？

我尝试减少 bash 脚本只调用 pymol 来确定问题出在哪里，它仍然给出 seg-fault core dumped 错误

编辑：澄清一下， align.sh 是正下方的脚本，它只调用 pymol

#!/bin/bash
pymol
#run align2.py
#aligning x147new.pdb, c2pucker.pdb

./align.sh: line 2: 21815 Segmentation fault      (core dumped) pymol

Answer 1

手动安装一些依赖项应该可以解决问题：

sudo apt-get install git build-essential python3-dev libglew-dev \
libpng-dev libfreetype6-dev libxml2-dev \
libmsgpack-dev python3-pyqt5.qtopengl libglm-dev libnetcdf-dev

Answer 2

谢谢你的帮助，danlor，看起来那台机器上还有其他问题与 pymol 的（不幸的是已经失效的）anaconda 下载的损坏有关（我一下载 Schrodingers 就试图找出一个 python 脚本来避免这两个命令行和 GUI 在获得结果时，pymol 中的任何内容都不起作用）。一旦我重新启动，它也会从命令行崩溃，就像从脚本中一样。作为旁注，如果有人可以帮助我找到 pymol 文件可能隐藏的另一个地方，以便我可以进行全新安装，那将是最有帮助的。