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我正在为 PyMOL 编写一个插件。

我已经绘制了一些球体（一个已编译的图形对象），现在我需要更改它的坐标。我需要使用什么命令来为我的 cgo 球体设置新坐标？

当我创建一个我使用的对象时cmd.load_cgo(data, 'name')，如何移动这个对象？

有谁知道在pymol中使用鼠标更改phi/psi/omega角度的方法？

我知道命令： Set_dihdral 但想用鼠标来玩二面角。

谢谢你，史蒂夫

所以我使用 PyMOL 脚本来查找蛋白质上的表面残基（可在http://www.pymolwiki.org/index.php/FindSurfaceResidues找到）。我需要它来编写一个文本文件，其中包含当前在 PyMOL 会话中选择的蛋白质的名称。据我搜索，我找不到 PyMOL 命令来获取所选蛋白质的名称。有没有对 PyMOL 有更多经验的人知道如何做到这一点？

谢谢

我选择了这样的残基：

我如何获得 的序列interface_1bsx？

我正在尝试使用 pymol 从 pdb 文件中绘制蛋白质结构。

但是，当我尝试运行下面的脚本时，会打开一个 pymol 窗口，但它只是一片漆黑。此外，奇怪的是，pdb 文件被输出到 shell。

这是我的代码：

有谁知道这里发生了什么？

.png 文件“my_pdb”被转储到工作目录中，但也只是黑色的。

我想获得 Pymol 中蛋白质的所有二面角（phi、psi、chi1、chi2、chi3、chi4），但我只设法找到一个可以显示 phi 和 psi 的函数。

例如：

它缺少手性角。有谁知道如何获得所有的二面角？

非常感谢！

我想通过它们的侧链在两个残基之间创建一个内酰胺桥（肽键），从原始肽序列（pdb 文件）开始。我使用了 PYMOL “bond” 和 “fuse” 的两个函数来形成这个键。“债券”工作正常，但一旦我重新打开文件（我的意思是“稳定”），债券就不再存在了。“保险丝”根本没有表现出这种联系。

选择残基 PYMOL>bond pk1,pk2 或 PYMOL>fuse pk1,pk2

有什么建议么？

有没有办法在 Python 解释器中使用 setuptools 来安装包？当你打开 PyMOL 时，有一个 Python 解释器正在运行，所以我想我可以使用它来安装包，因为我不能使用 PyMOL 目录中的 Python 和 sys.path。你会给我什么建议？

我正在尝试在 Centos 6.5 上安装 pymol。运行 setup.sh 后，它看起来一切正常。但是当我启动 pymol 我得到这个错误：

/opt/pymol/pymol.exe：加载共享库时出错：libGLU.so.1：无法打开共享对象文件：没有这样的文件或目录

请问有什么帮助吗？你可能会注意到，我是 linux 的新手……

我开始使用名为 Bio3D ( http://thegrantlab.org/bio3d/index.php ) 的 R 包，并在复制“Protein Structure Networks with Bio3D”教程 ( http://thegrantlab.org/bio3d/ ) 中的示例时遇到了问题教程/蛋白质结构网络）。这是我想要做的片段：

" 下面的代码片段首先设置示例 HIVpr 起始结构 (pdbfile) 和轨迹数据 (dcdfile) 的文件路径，然后读取这些文件（生成对象 dcd 和 pdb）。

一旦我们有了叠加的轨迹框架，我们就可以评估单个残基的原子波动（在这个非常简短的示例模拟中）相互关联的程度，并根据这些数据建立一个网络：

"

直到这一刻，一切都运行良好。

在这里，我使用 pymol 打开生成的 pdb 文件 corr.inpcrd。但我看到的不是漂亮的卡通 3D 模型，而是由点表示的氨基酸残基。尝试使用卡通、色带、颜色、透明度和命令显示的设置来解决 pymol 的问题，但没有任何改变。将不胜感激您的建议！

我没有足够的声誉来用图像说明预期和获得的结果，但如果有必要，我可能可以直接发送它们。

谢谢！