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我开始使用名为 Bio3D ( http://thegrantlab.org/bio3d/index.php ) 的 R 包，并在复制“Protein Structure Networks with Bio3D”教程 ( http://thegrantlab.org/bio3d/ ) 中的示例时遇到了问题教程/蛋白质结构网络）。这是我想要做的片段：

" 下面的代码片段首先设置示例 HIVpr 起始结构 (pdbfile) 和轨迹数据 (dcdfile) 的文件路径，然后读取这些文件（生成对象 dcd 和 pdb）。

dcdfile <- system.file("examples/hivp.dcd", package = "bio3d")    
pdbfile <- system.file("examples/hivp.pdb", package = "bio3d")   

# Read MD data    
dcd <- read.dcd(dcdfile)   
pdb <- read.pdb(pdbfile)   

inds <- atom.select(pdb, resno = c(24:27, 85:90), elety = "CA")    
trj <- fit.xyz(fixed = pdb$xyz, mobile = dcd,    
               fixed.inds = inds$xyz, mobile.inds = inds$xyz)

一旦我们有了叠加的轨迹框架，我们就可以评估单个残基的原子波动（在这个非常简短的示例模拟中）相互关联的程度，并根据这些数据建立一个网络：

cij <- dccm(trj)    
net <- cna(cij)    
plot(net, pdb)

"

直到这一刻，一切都运行良好。

# View the correlations in pymol    
view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE)

在这里，我使用 pymol 打开生成的 pdb 文件 corr.inpcrd。但我看到的不是漂亮的卡通 3D 模型，而是由点表示的氨基酸残基。尝试使用卡通、色带、颜色、透明度和命令显示的设置来解决 pymol 的问题，但没有任何改变。将不胜感激您的建议！

我没有足够的声誉来用图像说明预期和获得的结果，但如果有必要，我可能可以直接发送它们。

谢谢！

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尝试在调用 view.dccm() 函数时设置 launch=TRUE 以便为您加载 PDB 和 pymol 脚本。

于 2014-12-10T12:59:02.833 回答
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通常，如果 pymol 在您的可执行文件路径中，这将起作用（有关 bio3d 期望在何处找到 pymol 和肌肉的更多信息，请参见此处： http ://tinyurl.com/lzhpz3w）。

view.dccm(cij, pdb, launch = FALSE)

我自己不使用 Windows，但如果您在 bio3d bitbucket 问题页面https://bitbucket.org/Grantlab/bio3d/issues上发布此问题，您将获得经验丰富的 Windows bio3d 用户的帮助，包括此功能的作者。

于 2014-12-11T02:45:31.477 回答