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我是 PyMOL 的初学者，我将它用于我的对接项目。我在 PyMOL 中使用 Autodock/Vina 插件时遇到了错误。

我试图对网格进行设置，当我单击允许我更改网格参数 x、y 和 z 的箭头时发生错误 1。

至于错误 2，它发生在我试图在下一页上生成受体时。

在日志部分下，我还收到一条通知说“批处理：prepare_receptor4.py -r C:\Users\User\Desktop\plugin-test\receptor.3ig7.pdb -o C:\Users\User\Desktop\plugin-测试\receptor.3ig7.pdbqt -A checkhydrogen"

如果您能告诉我缺少什么或应该采取哪些措施来解决这些错误，我们将不胜感激。

我期待着阅读您的任何回复，并在此先感谢您，

伊莲

我正在尝试使用 vim 语法文件来突出显示 PyMOL 脚本文件，但遇到了“语法集群”定义的问题，vim 文件来自https://github.com/speleo3/PyMol-syntax。带来麻烦的定义是：

编辑 PyMOL 文件（正确加载语法文件并正确突出显示其他部分）时，关键字“and, or, not”未正确突出显示。但是，如果我添加以下两行，则突出显示有效：

基本上，看起来“语法集群”部分不起作用。

定义了另一个“语法集群”行，即“pymolString”组，它具有相同的问题，只有在我单独添加“hi def link”之后才会进行相应的突出显示工作。

我还尝试将“语法集群”定义移到“语法关键字”行之前，但仍然无效。

任何意见？

我正在尝试加载一个mrc文件，生成它的映射然后保存图像，问题是它只保存一个空白图像，我运行的代码如下：

界面中的等效代码确实有效，我想知道如何使保存方法等待所有内容的呈现。

我正在做一些关于蛋白质建模的教程，方法是使用多个模板对相同的蛋白质进行建模。我目前正在尝试运行 align_all.py 但是输出变成这样

TypeError：（）缺少1个必需的位置参数：'y'

我尝试了很多方法来纠正它，但仍然没有得到解决方案。我希望有人可以帮助我解决这个问题。我目前正在使用 Python 2.7。

以下是完整代码

谢谢你。

我目前有一个蛋白质是我研究的重点（.pse 文件）和几个配体（.pdb 文件），我希望与该蛋白质结合以查看它们在何处以及如何结合。但是，给定分子没有生物序列，所以我想知道我需要什么命令将配体分子一次与主要蛋白质 1 结合。

当我从主要蛋白质文件中打开配体文件时，我可以看到配体分子，但这是否准确表示了它们实际结合的位置？

谢谢！

我做了一个盲对接，它只给了我用于交互的 pse 文件。然后，我在 pymol 中处理 pse 文件，但我不知道如何将文件保存在包含交互的 PDB 文件中。我必须补充一点，我想将文件上传到 ligplot 或 PDBsum 中的某个位置，以便给我一个二维表示。我已经尝试保存分子，然后我选择保存 PDB，但也许我在两者之间做错了什么或者我应该做的其他事情。如果您在这方面指导我将不胜感激，非常感谢，Bests，Soha

这段代码是我目前用来从我正在制作的 python 脚本生成上图的代码。我需要在相互作用残基的 C-alpha 之间画线，到目前为止，我已经找到了使用距离线并隐藏测量值的最佳方法。

我已经设法让这些线条改变颜色，但我真的很想把它们改成实线！有没有办法改变距离线的线型？如果没有，是否有另一种方法可以在不虚线的情况下绘制线条？

当我用 ssh 和 X server 运行 pymol 时，窗口立即崩溃，错误报告如下：

那么pymol支持X窗口吗？或者我需要更新一些东西？

我是 PyMOL 的新手，但我需要完成一项非常具体的任务。

我有一个蛋白质同源寡聚体的 PDB 结构文件，我想使用 PyMol 来确定链 A 和所有其他链之间的极性接触。

然而，我不仅想可视化这些极性接触（这很容易通过 PyMOL GUI 完成），而且我还希望能够在字典或任何可能是最方便的数据结构中存储/保存交互残基对做这个。最终目标是创建一个 csv 或文本文件，其中每个相互作用的残基对都有自己的行。

理想情况下，我希望通过调用 PyMOL API 的 Python 脚本或通过 PYMOL 脚本来执行此操作——以更容易者为准。

我在 Stack Overflow 上查看了一个类似的问题，但发现它没有帮助，因为我不仅想选择和可视化这些极地联系人，而且还想将它们保存/记录在列表或字典中（然后保存到文本或 csv 文件），其中上面的问题没有解决。

通过 - chmod +x Pyrx-0.8-linux-x86_64-install ./Pyrx-0.8-linux-x86_64-install 安装 PyRX

还尝试使用- pip install -U wxPython

我无法在我的系统中看到任何内容。

任何帮助将不胜感激。谢谢