def interactingResidues(process_label, pdb_file, dataframe, file_name):
import __main__
__main__.pymol_argv = ['pymol', '-qc'] # -q launches in quiet mode, -c launches in GUI-less mode
import pymol2
p1 = pymol2.PyMOL() # initiating pymol2 instance as a variable allows for a cleaner exit between sessions.
p1.start()
pdb_file = pdb_file.strip('.pdb')
p1.cmd.fetch(pdb_file)
p1.cmd.remove('solvent')
p1.cmd.color('0xc2c2c2')
p1.cmd.bg_color(color='white')
p1.cmd.set('fog', 'off')
for index, row in dataframe.iterrows():
p1.cmd.distance('(////{0}/CA)'.format(row['Mut1 Position']), '(////{0}/CA)'.format(row['Mut2 Position']))
p1.cmd.color('black', selection=('dist' + str(index + 1).zfill(2)))
p1.cmd.hide('labels')
p1.cmd.set('ray_opaque_background', '0')
p1.cmd.png(("./" + process_label + "PDB_Distances/" + file_name + ".png"), ray=0)
p1.stop()
return
这段代码是我目前用来从我正在制作的 python 脚本生成上图的代码。我需要在相互作用残基的 C-alpha 之间画线,到目前为止,我已经找到了使用距离线并隐藏测量值的最佳方法。
我已经设法让这些线条改变颜色,但我真的很想把它们改成实线!有没有办法改变距离线的线型?如果没有,是否有另一种方法可以在不虚线的情况下绘制线条?