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我是 PyMOL 的新手,但我需要完成一项非常具体的任务。

我有一个蛋白质同源寡聚体的 PDB 结构文件,我想使用 PyMol 来确定链 A 和所有其他链之间的极性接触。

然而,我不仅想可视化这些极性接触(这很容易通过 PyMOL GUI 完成),而且我还希望能够在字典或任何可能是最方便的数据结构中存储/保存交互残基对做这个。最终目标是创建一个 csv 或文本文件,其中每个相互作用的残基对都有自己的行。

理想情况下,我希望通过调用 PyMOL API 的 Python 脚本或通过 PYMOL 脚本来执行此操作——以更容易者为准。

我在 Stack Overflow 上查看了一个类似的问题,但发现它没有帮助,因为我不仅想选择和可视化这些极地联系人,而且还想将它们保存/记录在列表或字典中(然后保存到文本或 csv 文件),其中上面的问题没有解决。

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