python-3.x - 同步pymol

Question

我正在尝试加载一个mrc文件，生成它的映射然后保存图像，问题是它只保存一个空白图像，我运行的代码如下：

from pymol import cmd
cmd.load('./6vof.mrc', ' 6vof')
cmd.volume( '6vof _volume', ' 6vof')
cmd.png('./test.png', 300, 200)

界面中的等效代码确实有效，我想知道如何使保存方法等待所有内容的呈现。

Answer 1

嗨路易斯何塞卡斯蒂略，

看来我遇到了和你一样的问题。我想在 Ruby on Rails 应用程序中使用 Pymol，当我从 ruby​​ 中启动它时，总是收到他的消息：

 CmdLoad: "mypol/4hhb.pdb" loaded as "4hhb".
 Ray: render time: 0.02 sec. = 178776.9 frames/hour (0.02 sec. accum.).

结果是一个空白的透明png。如果我在命令行中使用相同的脚本运行它，我会收到这条消息和一个完美的 png：

CmdLoad: "4hhb.pdb" loaded as "4hhb".
 Ray: render time: 4.04 sec. = 890.8 frames/hour (4.04 sec. accum.).

我在 Ubuntu 20、Ubuntu 18 Server 和 Docker 上得到了这种行为。我发现，唯一的区别是，我使用了 ruby​​ 中的相对路径，但总是在命令行的同一个文件夹中运行所有内容。好吧，所以我只是为我的 Rails 应用程序绕道而行，现在它确实可以工作了：

  def get_protein_image(pdb_id)
    dir_path = get_pdb_file(pdb_id)
    `cp lib/png_from_pdb.py #{dir_path} && cd #{dir_path} && pymol protein.pdb png_from_pdb.py -qc` 
  end

抱歉这里的 ruby​​ 代码，但这里是基本的解决方案，尝试在同一个文件夹中运行所有内容（我只是在生成 png 后删除了 tmp 子文件夹）。

cp lib/png_from_pdb.py #{dir_path} && cd #{dir_path} && pymol protein.pdb png_from_pdb.py -qc

我希望这个技巧也能帮助你！最好的问候，斯蒂芬