问题标签 [pymol]

我正在尝试在我编译的 PyMol 开源版本上使用插件“ProMol”。当 PyMol 加载时，我收到错误“无法初始化插件 'ProMol' (pmg_tk.startup.ProMol)”。当我转到插件菜单并选择加载 ProMol 时，我收到错误消息“无法导入名称 promolglobals”。

我已将来自 sourceforge 的 ProMol 插件文件保存在 pmg_tk\startup 文件夹中，并且能够使用该软件包附带的其他插件。Promolglobals.py 保存在 pmg_tk\startup\ProMol 中。

这是 ProMol 文件的链接：https ://sourceforge.net/projects/sbevsl/files/ProMOL/ProMOL-5/

*在 sourceforge 中没有列出此文件的支持链接。

我能做些什么来解决这个问题，还是文件的实际问题？如果我可以采取任何故障排除方法，请告诉我。我很感激这方面的任何帮助。

我在 Pymol 中打开了三肽（leu-lys-trp）和一个脚本，它围绕中心肽 - lys 旋转肽 leu 和 trp。

如果这些肽的原子之间发生任何碰撞，我需要停止旋转。

pymol中是否有任何工具可以使碰撞检测更容易？

我一直在为 Pymol（大分子结构的可视化软件）编写一个插件。为此，我使用 python 和 tkinter。

我的插件可以工作，我可以在 Pymol“插件”菜单中注册它。

从 Pymol 自带的插件管理器安装 plugin.py 文件后，有三个选项可以启动插件：

1) 插件菜单 --> "插件名称" | 适用于 Linux 和 Windows

2) Pymol 命令行 --> Testplugin | 仅适用于 Linux

3) 从 Pymol 主窗口 CTRL+F | 仅适用于 Linux

我在 Windows 机器上的情况 2 和 3 中得到的错误如下：

我在下面提供了一个最小的“工作”插件代码。这一切只是打开一个新窗口并显示一个标签“Testlabel”。同样，您可以在 Linux 上使用所有三种方法从 Pymol 启动插件，而在 Windows 上只有第一种方法有效，其他两种方法会出现上述堆栈外错误。这已经用不同的 Windows/Linux/Pymol 版本进行了测试。

最小代码示例：

先感谢您！

我刚刚开始使用 Python/Tkinter 编写一个小型 Pymol 插件。在这里，我试图有一个切换按钮并在单击它时报告其状态。该按钮上下移动，但从toggleAVA未被调用。任何想法为什么？

我已经按照此处的说明并使用此处的文件 Pmw‑2.0.1‑py2‑none‑any.whl设法在 Windows 上安装了pymol

C:\Users\Python27\Lib\site-packages(Pmw和Pmw-2.0.1.dist-info)中出现了各种文件夹。但是，我实际上无法弄清楚如何运行 pymol。

它曾经以 .exe 格式提供，只能以 Windows 应用程序的通常方式运行。已安装的文件夹仅包含大量 python 脚本，但我找不到任何实际启动程序的内容。

我正在尝试使用 pymolwiki ( https://pymolwiki.org/index.php/Linux_Install ) 中描述的 mothed 从源代码在我的 centos 7 系统上安装 pymol，直到我运行安装脚本：

我收到一条错误消息，安装过程已终止：

在 contrib/mmtf-c/mmtf_parser.cpp:31:0 包含的文件中：contrib/mmtf-c/mmtf_parser_private.h:38:23：致命错误：msgpack.hpp：没有这样的文件或目录#include ^ 编译终止。

然后我通过 yum 命令安装了 msgpack 并尝试再次运行 pymol 安装脚本，但仍然出现相同的错误。

我用谷歌搜索了这个问题，但找不到答案。有人可以在这里帮助我吗？

此致。

孙业平

我正在编写一个 python 脚本，从 PyMol 命令行运行，以绘制特定核之间的距离。它运行！我现在要做的是仅在 PyMol 查看器中未隐藏的链之间绘制距离。这很方便，因为它允许我简单地打开一个 PDB 文件，隐藏我不需要的链，并运行脚本以仅在显示的链上绘制距离。这可能吗？

理想情况下，我会有一个 if 语句：

需要明确的是，我知道这cmd.hide()可能无法用作布尔值。我一直在查看 PyMol 文档，但还没有找到类似的东西。

谢谢！

我是 Gromacs 的新手（通常是蛋白质分析编码，但对基于 python 的代码有一些经验）。我正在尝试将从 pyDock 收到的 .ene 文件转换为更易读的格式（它当前打开

例如，当我尝试使用 gromacs 指南中所说的接受 .ene 文件（gmx eneconv和gmx dump）的不同命令时

和

我得到错误

我已经更新了我的操作系统并重新安装了 gromacs。我的安装正在根据“入门”页面进行。

我也愿意接受其他程序打开和读取 .ene 文件类型的建议。

谢谢！

我编写了一个 python 脚本，它获取上游结果并将其输出为 pml 脚本（一系列 PyMoL 命令）。当我在 pymol 中运行文件时，一些命令运行，但命令行返回“无效选择”选择器错误。

例如。该脚本返回文本行，例如：

当脚本在 PyMoL 中运行时，它会说：

但是，当错误中的这些命令单独运行时，即复制和粘贴代码段create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68时，该命令运行良好，并进行选择并创建对象。

任何帮助将不胜感激。

使用 R 包bio3d，我想绘制蛋白质上两个原子之间的键，并使用pymol().

在这个例子中，我想在原子之间画一条键/切线/线sele.1-sele.2一个相当微不足道的问题，这可能吗？