python - pymol忽略python脚本中的隐藏对象

Question

我正在编写一个 python 脚本，从 PyMol 命令行运行，以绘制特定核之间的距离。它运行！我现在要做的是仅在 PyMol 查看器中未隐藏的链之间绘制距离。这很方便，因为它允许我简单地打开一个 PDB 文件，隐藏我不需要的链，并运行脚本以仅在显示的链上绘制距离。这可能吗？

理想情况下，我会有一个 if 语句：

if cmd.hide(object) == False:
    cmd.distance(...)

需要明确的是，我知道这cmd.hide()可能无法用作布尔值。我一直在查看 PyMol 文档，但还没有找到类似的东西。

谢谢！

score 0 · Accepted Answer

您可以使用selection 关键字 visible（缩写v.）仅选择可见的对象。例如，如果要列出所有可见对象，可以使用以下脚本：

visible_objects = cmd.get_object_list('(visible)')
for obj in visible_objects:
    print(obj)

1 回答 1