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我编写了一个 python 脚本，它获取上游结果并将其输出为 pml 脚本（一系列 PyMoL 命令）。当我在 pymol 中运行文件时，一些命令运行，但命令行返回“无效选择”选择器错误。

例如。该脚本返回文本行，例如：

fetch 3MPF
create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68
remove 3MPF
align 3MPFB63, ref

当脚本在 PyMoL 中运行时，它会说：

PyMOL>fetch 3MPF
 please wait ...
PyMOL>create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68
Selector-Error: Invalid selection name "3MPF".
( 3MPF and c. B and i. 63-68 )<--
PyMOL>remove 3MPF
Selector-Error: Invalid selection name "3MPF".
( 3MPF )<--
PyMOL>align 3MPFB63, ref
Selector-Error: Invalid selection name "3MPFB63".
3MPFB63<--

但是，当错误中的这些命令单独运行时，即复制和粘贴代码段create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68时，该命令运行良好，并进行选择并创建对象。

任何帮助将不胜感激。

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1 回答 1

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似乎这个问题的答案是在 fetch 调用中包含 async=0，强制命令行在执行第二个命令之前等待该命令的返回，即它试图在对象存在之前选择对象。

例如，

fetch 3MPF, async=0
create 3MPFB63,3MPF and c. B and i. 63-68
delete 3MPF
align 3MPFB63, ref

这现在按预期工作。如果在自动运行完整的 PML 时出现其他问题，将回发。

经典的，“只要你求助于 SO，你就明白了”的情况。

于 2017-08-07T18:18:29.063 回答