3

我是 Gromacs 的新手（通常是蛋白质分析编码，但对基于 python 的代码有一些经验）。我正在尝试将从 pyDock 收到的 .ene 文件转换为更易读的格式（它当前打开

例如，当我尝试使用 gromacs 指南中所说的接受 .ene 文件（gmx eneconv和gmx dump）的不同命令时

gmx eneconv -f project.ene -o converted.edr

和

gmx dump -e project.ene -om read.mdp

我得到错误

File 'project.ene' cannot be used by GROMACS because it does not have a recognizable extension.
The following extensions are possible for this option:
  .edr

我已经更新了我的操作系统并重新安装了 gromacs。我的安装正在根据“入门”页面进行。

我也愿意接受其他程序打开和读取 .ene 文件类型的建议。

谢谢！

4

1 回答 1

0

“ene”是“energy”的缩写，它包含能量、温度、体积等的二进制数据，仅用于旧版本的 Gromacs。在新版本的 Gromacs 中，它被包含可移植二进制数据的“edr”文件所取代。参见“gmx dump -h”，你会发现以下几行：

Options to specify output files:

 -o      [<.edr>]           (fixed.edr)
           Energy file

如果你坚持使用 ene 文件，你应该安装旧版本的 Gromacs。

于 2018-12-10T00:57:41.853 回答