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我正在尝试使用 python 脚本查找 pymol 中蛋白质残基之间的距离，该脚本调用 pymol 命令 cmd.get_distance。但是，有时会有多个原子赋值，这会导致错误：

我想跳过有这个问题的网站，所以我尝试使用 try/pass：

但是，它告诉我没有这样的错误消息：

我如何告诉它通过这个错误？GetDistance-Error 不是错误吗？

我想通过 matplotlib 库绘制一个图形，并从 PyMOL 将其作为单独的Tkinter (Tk) 窗口调用。看起来这个任务并不简单，因为它需要几个线程以及一些 matplotlib/Tk 的调整调整（https://github.com/speleo3/pymol-psico/blob/master/psico/matplotlib_fix.py） . Matplotlib 提供了一种所谓的交互模式，我在下面的简化示例中实现了它。如果我将其作为插件安装，此代码在 Windows 上运行良好。相反，它在 Mac 上崩溃，当我使用命令“run”从 cmd 运行它时也会崩溃。

问题：如何在 PyMOL 会话中创建一个新的 Tk 窗口/线程并在其上输出 matplotlib 图？

在 pymol 中，有两个相同的蛋白质对象。一种是带状的，一种是表面状的。我在表面对象上选择了一些残留物（比如 sele1）。我想这样做，例如，当您单击 sele1 并为其着色时，它将改变我的两个蛋白质对象的颜色。

这可能吗？

如果我想选择蛋白质上的一个残基（比如说第十个残基），在编写 PyMOL 脚本时，我可以使用以下代码将其分配给变量“pep”

但是，如果我尝试使用预定义变量代替选择中的数字，则不会将任何原子分配给选择。

没有返回错误，也没有原子分配给选择。我尝试将变量类型转换为字符串和整数，但都没有工作。如果我在其他地方使用该变量a，例如打印语句或添加，它工作得非常好。有谁知道如何使resi选择与变量一起工作？我正在尝试根据我们收集的一些数据使用它对氨基酸进行不同的着色，并且我不想在每次分析一组新数据时对残基进行硬编码。

您好我正在尝试为一个项目编写两个 python 脚本。我的目标是在 python3 中完成一些分析的前端，并输出许多文本文件（已完成）。分析的后端将读取文本文件并与依赖于 python2 的 PyMOL 接口（我没有意识到）。使用 Xcode，或者如果 Xcode 没有为此配备其他东西，我可以将我的 2 个脚本作为一个项目连续运行吗？从概念上讲，这似乎很简单，但我一直无法管理它。

基本上我想在 Xcode 中这样：

项目

任何帮助都会很棒。

我想要一个 PyMOL 脚本来自动绘制给定结构的键，例如在所有钯原子之间，或在所有钯和硫原子之间。

我可以通过bond命令手动执行此操作，但需要知道原子的标识符：

• 如何一次创建所有所需的键？
• 如果仅创建键，如果原子之间的距离在特定的截止半径内，这也是有帮助的。

我正在 MacPyMOL 中进行一些操作，命令行历史的标准长度太短，无法满足我的需要。有人知道怎么增加吗？

我想通过 bash 脚本在 pymol 控制台中运行命令。我该怎么做？下面是我的代码，但它不起作用。

我正在使用 Pymol 加载用于分子表示的 pdb 文件。使用 PyMol python 库，我将圆柱体创建为cgo（编译图形）对象。

示例代码如下：

运行此 python 脚本后，PyMol 打开并显示以下表示：

在上图中，蛋白质色带（绿色）是从 pdb 文件中加载的，圆柱体（白色）是cgo圆柱体对象。

我想要的是能够编写将虚线添加到表示的脚本，但似乎没有cgo虚线。在最坏的情况下，我可以看到必须在同一个“射线”上编写一堆圆柱体并将其称为虚线，但我显然更喜欢更简单的方法。

有没有办法使用 PyMol python 脚本来表示虚线？

我应该使用 python 为用 C++ 编码的应用程序开发 GUI。它将用作PyMOL 插件。如何在 ctypes、Boost.Python、SWIG、wxPython 或 Pyrex(?) 等不同选项中做出决定？我对 Python 很陌生，对 C/C++ 的经验很少。另外，我有类似应用程序的 GUI 的 Python 代码。如何识别其中使用的 Python-C++ 接口的类型？

我在 Python 代码中看不到以下任何内容：

导入 wx

从 ctypes 导入 *