我正在使用 Pymol 加载用于分子表示的 pdb 文件。使用 PyMol python 库,我将圆柱体创建为cgo
(编译图形)对象。
示例代码如下:
import pymol
from pymol.cgo import *
import sys
pymol.pymol_argv = ['pymol', ''] + sys.argv[1:]
pymol.finish_launching()
pymol.cmd.load('1V6R.pdb') # This is a pdb protein file.
cyl = [CYLINDER,x1,y1,z1,x2,y2,z2,radius,r1,g1,b1,r2,g2,b2]
pymol.cmd.load_cgo(cyl, 'cylinder')
pymol.cmd.hide(representation='everything', selection=str(pymol.cmd.get_names()[0])
pymol.cmd.show(representation='ribbon', selection=str(pymol.cmd.get_names()[0]))
pymol.cmd.orient()
运行此 python 脚本后,PyMol 打开并显示以下表示:
在上图中,蛋白质色带(绿色)是从 pdb 文件中加载的,圆柱体(白色)是cgo
圆柱体对象。
我想要的是能够编写将虚线添加到表示的脚本,但似乎没有cgo
虚线。在最坏的情况下,我可以看到必须在同一个“射线”上编写一堆圆柱体并将其称为虚线,但我显然更喜欢更简单的方法。
有没有办法使用 PyMol python 脚本来表示虚线?