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我正在尝试使用 python 脚本查找 pymol 中蛋白质残基之间的距离，该脚本调用 pymol 命令 cmd.get_distance。但是，有时会有多个原子赋值，这会导致错误：

GetDistance-Error: Selection 2 doesn't contain a single atom/vertex.

我想跳过有这个问题的网站，所以我尝试使用 try/pass：

try:
    cmd.get_distance(atom2)
except GetDistance-Error:
    pass

但是，它告诉我没有这样的错误消息：

NameError: global name 'GetDistance' is not defined.

我如何告诉它通过这个错误？GetDistance-Error 不是错误吗？

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我偶然发现了同样的问题。我想从 pymols cmd.get_distance 中捕获错误。在我的情况下，一个（或两个）选择根本不包含一个原子（而不是 2 个）。

这个答案不会澄清 pymol 脚本中的处理错误，但会解决问题本身。

因此，您可以先检查您的选择中是否正好有 1 个原子，而不是捕获错误。

错误代码：

PyMOL>dist = cmd.get_distance("///A/44/CA","///A/60/CA")
GetDistance-Error: Selection 1 doesn't contain a single atom/vertex.

优化代码：

PyMOL>p1 = cmd.select("p1","///A/44/CA")
PyMOL>p2 = cmd.select("p2","///A/60/CA")
PyMOL>dist = "N/A"
PyMOL>if p1 == 1 and p2 == 1: dist = cmd.get_distance("p1","p2")

因此，您无需捕获错误，而是检查 get_distance 命令的要求（每个选择一个原子）。如果您运行连续代码，则需要 dist = "N/A" ，否则您将错误地获得距离的最后分配。

于 2020-11-03T14:49:31.060 回答