mouse - 在 Pymol 中使用鼠标更改二面角

Question

有谁知道在pymol中使用鼠标更改phi/psi/omega角度的方法？

我知道命令： Set_dihdral 但想用鼠标来玩二面角。

谢谢你，史蒂夫

Answer 1

你可以。我建议您首先将可视化更改为“球和棍子”（动作 > 预设 > 球和棍子），然后隐藏侧链（隐藏 > 侧链）。

然后单击包含有关模式按钮的信息的区域（如下所示）。它将鼠标模式更改为三键编辑。

最后，按 CTRL + 右键单击​​要更改的角度并完成。

高温高压

Answer 2

Pymol小贴士：

Ctrlright单击键以了解二面角/扭转角。

Ctrlleft单击并拖动以更改二面角/扭转角。

设置二面角/扭转角的命令：

set_dihedral atom1_name, atom2_name, atom3_name, atom4_name, angle

例子：

set_dihedral 23/CA, 23/C, 24/N, 24/CH3, 60

Answer 3

我在 PyMOL 中没有看到这一点，但 Gaussian 有这样的功能。您可以使用滑动条设置键长、角度和二面角，并实时观察它们的更新。

我以前用它来编辑 PDB 文件，但我只需要偶尔这样做一次。

编辑：嵌合体也可以做到这一点，它比高斯更适合大分子。Ctrl 双击键，然后工具 > 结构编辑 > 调整扭转

更新：我刚刚想出了如何在 PyMOL 中做到这一点。Wizard > Sculpting，单击包含感兴趣的扭转角的残基，然后在右下角的雕刻菜单中将“Residue Shells”更改为“One Residue”，现在 ctrl-右键单击键然后 ctrl-左键单击并拖动来改变扭转角。您可能想要更改构建 > 雕刻 > 约束中的设置。