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我想获得 Pymol 中蛋白质的所有二面角（phi、psi、chi1、chi2、chi3、chi4），但我只设法找到一个可以显示 phi 和 psi 的函数。

例如：

 PyMOL>phi_psi 1a11
 SER-2:    (   67.5,  172.8 )
 GLU-3:    (  -59.6,  -19.4 )
 LYS-4:    (  -66.4,  -61.7 )
 MET-5:    (  -64.1,  -17.9 )
 SER-6:    (  -78.3,  -33.7 )
 THR-7:    (  -84.0,  -18.1 )
 ALA-8:    (  -85.7,  -40.8 )
 ILE-9:    (  -75.1,  -30.8 )
 SER-10:   (  -77.6,  -47.0 )
 VAL-11:   (  -61.3,  -27.4 )
 LEU-12:   (  -60.7,  -47.5 )
 LEU-13:   (  -71.1,  -38.6 )
 ALA-14:   (  -46.2,  -50.7 )
 GLN-15:   (  -69.1,  -47.4 )
 ALA-16:   (  -41.9,  -52.6 )
 VAL-17:   (  -82.6,  -23.7 )
 PHE-18:   (  -53.4,  -63.4 )
 LEU-19:   (  -61.2,  -30.4 )
 LEU-20:   (  -61.1,  -32.3 )
 LEU-21:   (  -80.6,  -60.1 )
 THR-22:   (  -45.9,  -34.4 )
 SER-23:   (  -74.5,  -47.8 )
 GLN-24:   (  -83.5,   11.0 )

它缺少手性角。有谁知道如何获得所有的二面角？

非常感谢！

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您可以使用 get_dihedral 获得任意二面角。创建四个选择，每个选择都有一个原子，然后像这样使用它：

get_dihedral s1, s2, s3, s4

它以cmd.get_dihedral(). 我建议编写一个 Python 脚本，使用这个函数和 cmd.iterate() 来遍历残基。创建一个字典，以便在每个残基上查找定义卡角的原子四元组列表。

于 2014-09-25T00:32:11.513 回答
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您可以在 R 中轻松完成。这是包含有关如何计算主链和侧链扭转/二面角信息的链接：http: //thegrantlab.org/bio3d/html/torsion.pdb.html

但首先你必须为 R 安装 Bio3D 包：http: //thegrantlab.org/bio3d/download

安装包后，通过在 R 控制台提示符下键入 library(bio3d) 来加载它。

>library(bio3d)

这个 R 脚本回答了你的问题：

#返回当前工作目录的文件路径。

getwd()

#将工作目录设置为您想要的位置。

setwd("home/R/Rscripts")

#从蛋白质数据库中获取pdb文件并保存到数据框'pb' 

pb <- read.pdb("insert PDB ID")

#只修剪蛋白质

pb.prot <- trim.pdb(pb, "protein")

#计算蛋白质的扭转角并保存到数据框'tor' 

tor <- torsion.pdb(pb.prot)

#获取'tor'的行数和列数

dim(tor$tbl)

#通过从您的 PDB 条目中获得的链、残基 ID 和残基编号识别每一行

res_label <- paste(pb.prot$atom$chain[pb.prot$calpha], pb.prot$atom$resid[pb.prot$calpha], pb.prot$atom$resno[pb.prot$calpha], sep="-") 

rownames(tor$tbl) <- res_label

#创建扭转角表 

torsion <- tor$tbl

#例如，查看 VAL 的角度，来自链 A 的残基 223

tor$tbl["A-VAL-223",]

#将表写入文件 

write.table(torsion, file = "torsion_angles.txt", quote = F, sep = "\t")

保存在工作目录中的输出文件将包含 chain-resID-resNo 及其对应的 phi、psi、chi1、chi2、chi3、chi4 和 chi5 值的表。祝你好运！

于 2017-11-22T08:42:05.363 回答