pymol - 使用 PYMOL 创建“稳定”键

Question

我想通过它们的侧链在两个残基之间创建一个内酰胺桥（肽键），从原始肽序列（pdb 文件）开始。我使用了 PYMOL “bond” 和 “fuse” 的两个函数来形成这个键。“债券”工作正常，但一旦我重新打开文件（我的意思是“稳定”），债券就不再存在了。“保险丝”根本没有表现出这种联系。

选择残基 PYMOL>bond pk1,pk2 或 PYMOL>fuse pk1,pk2

有什么建议么？

Answer 1

Pymol 不会自动将数据保存回 pdb 文件。保存 Pymol 携带的所有状态的一种简单方法是编写一个 .pse 文件。要创建一个 pdb 文件，其中包含将显示在 Pymol 中的任意键，您可以添加 CONECT 记录。为此，您可以使用文本编辑器打开 pdb 文件并手动添加记录。