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我正在编写解析器来解析 PyMOL 文件（生物信息学语言）。我知道双引号字符会生成一个类似"text". 但是单引号字符'不同。这是带有这个奇怪符号的 PyMOL 行的示例。

load dat/names.pdb

select test,name O4'
select test,*/O4'

select test,*/O4'+O3'
select test,(*/O4',O3')
select test,name O4'+O3'
select test,name "O4'+O3'"

select test,name O4'+Na\+
select test,(name Na\+,O4')
select test,name Na\++O4'
select test,*/Na\++O4'

select test,*/O4'+O4

select test,*/O2\*+O2

select test,*/O2\*+O2'

此报价适用于哪些语言标记？如何为这些线条着色？也许quote-char 是word-char 或分隔符char？在一个示例文件中，我看到了这种引用的用法，它是字符串标记'text'：

iterate (all),resn = 'NON'

这是取自PyMOL GitHub repo的有效代码。

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PyMOL 与其说是一种语言，不如说是一种软件。但是，它提供了一组命令来支持某些 python 脚本。您的文件包含的是一组这样的命令。

第一个命令load dat/names.pdb加载一个 pdb 文件（一个包含 3D 坐标、名称和其他关于来自分子的原子的数据的文本文件，通常 - 但不总是 - 蛋白质）。可以在此处找到有关 pdb 文件的完整文档。

第二个和后续命令按照特定语法创建 PyMOL 选择（基本上是原子列表）。关键字name表示您要选择名称包含字符串的原子O4'（对于第一个select命令）。请注意，单引号是原子名称的一部分，而不是语言标记。通常，带有单引号字符的原子名称指出来自核酸（DNA 或 RNA）的原子。

该命令iterate (all),resn = 'NON'是一个 PyMOL 命令，用于迭代选择的所有原子；在这里，选择是(all)，这意味着会话中加载的所有原子。但是语法对我来说似乎不正确。我假设您想要遍历所有属于残基的原子，NON例如，在这种情况下，您的命令应该看起来像iterate (resn NON), print name打印选择的所有原子的名称。如果要将所有原子的残基名称更改为NON，则应考虑改用 PyMOL 命令alter。

于 2019-10-16T10:26:55.460 回答