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我从 python 运行脚本到 pymol,一切都很好,直到出现这一行:

        cmd.set('ray_opaque_background', 0)

我有保存准备好的结构的功能,一切正常,没有发生错误,但背景不透明,它仍然是黑色的。有人能告诉我,这条线有什么问题吗?

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据我所知,那条线没有任何问题。

我不太确定您要达到的目标。你有保存结构当前框架图像的命令吗?如果没有,请尝试添加以下行,这将生成一个 600x600 像素的图像 image_name.png,具有不透明的背景。

cmd.set('ray_opaque_background', 0)
cmd.ray(600,600)
cmd.png("image_name.png")
于 2015-09-03T11:03:22.033 回答