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我研究脂质和水的结构。我必须从脂质(第 2 组)中选择低于 4A 的所有水(第 1 组)。我使用了这个命令:

gmx select -f input.gro -s input.tpr -n input.ndx -select 'group 1 and within 0.4 of group 2' -on output.ndx

不幸的是,它完成了工作,但程序选择了该区域中的每个 ATOM,只留下 H 或 OH,这是我负担不起的。我应该通过添加来解决这个问题,-seltype whole_res_com但是输出值完全是胡说八道。是另一种选择脂质相 4A 内的所有水残留物的方法吗?提前致谢!

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gmx select -f input.gro -s input.tpr -n input.ndx -select '第 1 组和第 2 组的 0.4 内相同的残基' -on output.ndx

发现。

于 2020-06-06T16:29:31.187 回答