pymol - 为什么在 PyMOL 中使用 cealign 时“目标”太短？

Question

具体来说，在运行时

fetch 2mi1 3zkt
cealign 2mi1, 3zkt

我收到以下错误：

CEalign-Error: Your target selection is too short.

如果我查看fitting.pyP yMOL github repo中的相关文件 () ，它看起来好像认为结构中没有原子坐标？不幸的是，文档并没有很好地解释（足以让我理解）需要选择的内容，但我的印象是给出的示例使用了与我尝试过的类似的方法：

fetch 1c0mB 1bco, async=0
as ribbon
cealign 1bco, 1c0mB, object=aln

我也尝试过async=0, 并尝试选择单个 alpha 碳用作Target和Mobile.

Answer 1

该cealign方法设置为具有默认窗口 8。如果目标/移动长度小于 2*window ，它将引发错误。

您可以强制窗口大小最小；允许的最小值为 3：

fetch 2mi1 3zkt
cealign 2mi1, 3zkt, window=3

请注意，因为 CE 算法对这些小窗口大小非常敏感，并且生成的对齐方式可能会有很大差异。