python - 如何使用 python 脚本输出 .pdb 文件？

Question

我目前正在使用 python 操作 .pdb （蛋白质数据库）文件。我的最终目标是将 python 脚本转换回 pdb 文件，以便我可以在 VMD 或 PyMol 中运行模拟。有人可以帮忙吗？

Answer 1

在每个新行的 for/while 循环中将列表中的每个元素更改为类似的内容 这是一种粗略的方法，但 BioPDB 可以很好地读取输出。我假设您有要在各种数组中写出的数据。

  j[0] = j[0].ljust(6)#atom#6s
  j[1] = j[1].rjust(5)#aomnum#5d
  j[2] = j[2].center(4)#atomname$#4s
  j[3] = j[3].ljust(3)#resname#1s
  j[4] = j[4].rjust(1) #Astring
  j[5] = j[5].rjust(4) #resnum
  j[6] = str('%8.3f' % (float(coords[i][0]))).rjust(8) #x
  j[7] = str('%8.3f' % (float(coords[i][1]))).rjust(8)#y
  j[8] = str('%8.3f' % (float(coords[i][2]))).rjust(8) #z\
  j[9] =str('%6.2f'%(float(j[9]))).rjust(6)#occ
  j[10]=str('%6.2f'%(float(j[10]))).ljust(6)#temp
  j[11]=j[11].rjust(12)#elname    
  f1.write("%s%s %s %s %s%s    %s%s%s%s%s%s\n"% j[0],j[1],j[2],j[3],j[4],j[5],j[6],j[7],j[8],j[9],j[10],j[11]))

然后检查是否可以按照其他人的建议使用 BioPython 中的 PDBParser 读取写出的文件。

  p=PDBParser(PERMISSIVE=1)
  structure=p.get_structure('test', 'test.pdb')

Answer 2

此示例代码似乎可以执行您想要的操作：

相关部分是：

import sys
from Bio.PDB import PDBIO
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser
PDB_input = sys.argv[1]
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure('self', PDB_input)
# DELETED CODE THAN MANIPULATED PDB OBJECT 
w = PDBIO()
w.set_structure(structure)
w.save('corrected_from_CHARMM_to_PDB.pdb')