alignment - 在 PyMOL 中对齐 2 个小分子

Question

我想与 PyMOL 中的配体对齐，就像对蛋白质结构进行对齐一样，但我收到一条错误消息：

ExecutiveAlign: mobile selection must derive from one object only

我还将配体复制到单独的 PDB 文件中，将HETATM条目重命名为ATOM，但仍然出现此错误。我想知道为什么 PyMOL 无法对齐这些小分子。

PS：这些配体结构相似，只是坐标不同。

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当您使用 align 函数对齐时，pymol 通过首先进行序列对齐来播种结构对齐。

您可以使用 pair_fit 函数，但必须指定原子之间的对应关系。这个函数有两个选择，每个元素一个，具有相同数量的原子。

如果配体具有完全相同的化学结构，您可以直接通过对象，否则您必须做出适当的选择。

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您是通过 GUI 执行此操作的吗？这是一个错误，对齐功能永远不会在 GUI 上运行。尝试通过命令行执行此操作。

对齐 mol1, mol2

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