python - 如何在 Pymol 中设置 RGB 颜色

Question

请问 Pymol 是否允许用户通过用户定义的值设置原子颜色？例如，我想通过生化特征为所有原子着色，羽毛被认为是 RGB 值，比如 [RGB] 等于 [feature1 feature2 feature3]，我该如何在 Pymol 中做到这一点？

另外，如果我已经为原子着色，我可以获得颜色值吗？我尝试使用 cmd.getcolor()，但它返回的值不被识别为 RGB 颜色，我可以调用 Pymol 中的任何其他函数来获取原子颜色吗？

Answer 1

请参考 pymolwiki 页面颜色和设置颜色。

首先，使用您的特征定义一组颜色（请记住将特征值标准化为 [0,1] 或 [0, 255]）：

set_color mycol1, [feature1R, feature1G, feature1B]
set_color mycol2, [feature2R, feature2G, feature2B]
...

然后您可以使用自定义颜色为原子着色：

# color all alpha Carbons to mycol1:
color mycol1, n. CA
# color all backbone Nitrogens to mycol2:
color mycol1, n. N

要获取原子颜色，请参阅“获取原子颜色”。假设你有一个命名的原子youratom并且你想为它获取颜色：

atomcolor = []
iterate youratom, atomcolor.append(cmd.get_color_tuple(color))
print atomcolor[0]

atomcolor[0]是一个 RGB 值在 [0,1] 范围内的元组。