linux - 如何在 Pymol 中改变角度？

Question

我用这个

set_dihedral atom1_name, atom2_name, atom3_name, atom4_name, angle

例如

set_dihedral 22/C, 23/C, 26/C, 27/C, 130

所以我想改变这个原子的二面体键

但是当我写：

set_dihedral 23/CA, 23/C, 24/N, 24/CH3, 130

我有

SetDihedral-Error: Selection 1 doesn't contain a single atom/vertex.
SetDihedral-Error: Selection 2 doesn't contain a single atom/vertex.
SetDihedral-Error: Selection 3 doesn't contain a single atom/vertex.
SetDihedral-Error: Selection 4 doesn't contain a single atom/vertex.

Answer 1

您确定您的 3D 文件不包含多个与您选择的原子名称相同的结构吗？您可以在此处发布您的 .cif 文件。或者您可能必须使用不同的选择语法（例如“名称”C23 等，见下文）。

例如，如果我使用硬脂酸的结构，这将完美无缺：

set_dihedral name c1,name c2,name c3,name c4, 130

在 PyMOL 中输入二面角并选择四个原子