使用 PyMol，我可以使用 Action -> Find -> Polar Contacts 显示氢键。这会产生接触，但我想通过仅显示具有这些接触的残基而不是其他任何东西来清楚地显示它们（目前，由于蛋白质的其余部分，该视图非常不清楚）。
我想选择所有具有我发现的氢键的残基。我怎样才能做到这一点？
或者，有什么好方法可以显示口袋中两条链之间的氢键，以便它们清晰可见？
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通过将这些接触定义为新选择，您可以在配体或分子的一部分周围找到接触。请在此处阅读有关选择的信息 ( https://pymolwiki.org/index.php/Select ) 或使用鼠标选择，然后转到 (sele) 并重命名它。使用名称myligand。然后，在命令行中，您可以搜索 3.5 Å 距离内的联系人并将此选择联系人命名为：
select contacts, myligand around 3.5
请注意，我选择 3.5 Å 假设您有一个 PDB 文件，其中氢原子由于分辨率低而未映射。当然，您将在此距离内获得所有接触，而不仅仅是氢键，因此您将在myligand中创建一个选择，其中仅包含可能参与氢键的原子。
在下一步中，您使用byres创建一个新的选择contactsfull ，其中包含联系人的全部残基：
select contactsfull, byres contacts
现在您可以独立设计contactfull和您的蛋白质。为了显示 H 键，我会使用 Find -> Polar Contacts，创建另一个选择，其中只有 H 键，您可以根据需要设置样式。
于 2018-04-10T11:13:09.763 回答