问题标签 [dendextend]
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r - 您如何比较两个树状图（在 R 中）之间的“相似性”？
我有两个树状图，我希望将它们相互比较，以了解它们有多“相似”。但我不知道有任何方法可以做到这一点（更不用说在 R 中实现它的代码了）。
有什么线索吗？
更新（2014-09-13）：
自从提出这个问题后，我编写了一个名为dendextend的 R 包，用于对树状图进行可视化、操作和比较。这个包在CRAN上，并带有一个详细的小插图。它包括cor_cophenetic,cor_bakers_gamma和Bk/等函数Bk_plot。以及tanglegram用于在视觉上比较两棵树的功能。
r - 改变树状图叶子
我想修改从 hclust 对象的绘图产生的树状图中叶子的属性。最低限度，我想更改颜色，但您可以提供的任何帮助将不胜感激。
我确实尝试用谷歌搜索答案，但我看到的每个解决方案似乎都比我想象的要困难得多。
r - 如何标记切割树状图的终端节点？
我使用以下代码在特定高度切割树状图。我遇到的问题是，当我切割树状图时，我无法弄清楚如何向节点添加标签。如何切割带有标签的树状图使用 R 程序？
r - 在特定节点合并两个树状图
我想：
- 删除一个子树，然后将一个新的子树合并到原始树状图中，使其与被删除的位置相同。
- 或用另一个子树替换子树。
我知道merge()可以合并顶部的两个树状图。它是否也在指定节点合并它。如果有怎么办？如果没有，是否有另一种方法可以做到这一点？
我知道cut()将树状图切割成一定高度或特定数量的节点。但是如何让它只删除一个特定的子树呢？
子树的规范将是其中第一个节点的属性。例如attr(n,"attribute")== something，可以通过dendrapply().
这是如何制作树状图的示例代码。
- 注意：我发现了如何通过以下方式替换子树。
问题：
1) 它替换了它的姊妹子树而不是期望的那个。
2）原始树没有改变。
3）创建的新树“treeMerged2”只有添加的子树和姐妹子树，没有树的其余部分。
问题：
- 如何使输出成为其中包含新子树的原始树？
谢谢。
r - 像包猿的 plot.phylo 一样更改 plot.dendrogram 中的叶子颜色
我正在尝试以与使用包“ape”绘制树时相同的“样式”绘制凝聚聚类（带有 Agnes 的 UPGMA）的结果。我在下图中包含了一个简单的示例
关键问题是我希望能够根据叶子标签中的 a 模式为树状图的叶子着色。我尝试了两种方法：要么我使用，要么hc2Newick使用 Joris Meys 在Change Dendrogram Leaves 的答案中提出的代码。两者都没有给出令人满意的输出。可能是我也不完全理解树状图的构建方式。abundance.agnes.ave可以在https://www.dropbox.com/s/gke9qnvwptltkky/abundance.agnes.ave上找到对象的 ASCII 保存（从运行 agnes 中存储） 。
当我使用第一个选项（hc2Newick 来自 bioconductor 的ctc包）时，我在使用此代码时得到下图：
这显然不理想，情节的“对齐”不是我想要的。我想这与分支长度计算有关，但是我不知道如何解决这个问题。当然，与 colLab 函数的结果相比，它看起来更像是我想要报告的树状图样式。此外，use.edge.length=T在上面的代码中使用确实会给出一个未正确“对齐”的聚类：
使用 Joris Meys 的 colLab 函数和以下代码的第二种方法给出了下图
这个情节越来越接近我想要的，但是我不知道为什么叶子上会出现空心圆圈以及如何去除它们。
任何帮助深表感谢。
亲切的问候，
调频
r - 用挂叶绘制水平树状图？(右)
我想创建一个带有水平标签的树状图，但是让叶子根据它们的高度悬挂，而不是仅仅下降到图的边缘。
例子：
关于如何编程的任何建议？
谢谢。
r - 如何创建带有彩色树枝的树状图？
我想在 R 中创建一个具有彩色分支的树状图，如下所示。
到目前为止，我使用以下命令来创建标准树状图：
我应该如何修改此代码以获得所需的结果？
在此先感谢您的帮助。
r - 标签和颜色叶树状图
我正在尝试创建一个树状图，我的样本是否有 5 个组代码（作为样本名称/物种/等，但它是重复的）。
因此，我有两个问题需要很大的帮助：
如何在叶标签（而不是样本编号）中显示组代码？
我希望为每个代码组分配一种颜色并根据它为叶子标签着色（可能会发生它们不在同一个进化枝中，这样我可以找到更多信息）？
是否可以使用我的脚本来执行此操作（ape 或 ggdendro）：
替换我的 read.table 的随机数据框：
r - R中使用ape包的标签和颜色叶树状图（系统发育）
在上一篇文章（r 中的标签和颜色叶树状图）之后，我有一个后续问题。
我的问题与提到的帖子相似，但我想知道是否可以使用猿来完成（例如，plot(as.phylo(fit), type="fan", labelCol)因为它具有更多类型的系统发育。
提到的帖子问题是：
如何在叶标签（而不是样本编号）中显示组代码？
我希望为每个代码组分配一种颜色并根据它为叶子标签着色（可能会发生它们不在同一个进化枝中，这样我可以找到更多信息）？
代码示例是：
r - 使用 ggplot2 对树状图中的集群进行着色
Didzis Elferts 展示了如何使用 ggplot2 和 ggdendro 绘制树状图：
这是代码：
有谁知道，如何着色不同的集群？例如，您想让 2 个簇 (k=2) 着色？