问题标签 [dendextend]

我正在使用 Dendextend 在 R 中绘制缠结图。我想知道是否可以使用绘制多个子图par(mfrow = c(2,2))？

我似乎无法弄清楚。

谢谢

有没有人有办法corrplot用树状图装饰 R 相关图？

好的，所以我确定以前有人问过这个问题，但是经过数小时的搜索后，我在任何地方都找不到好的答案。

我有一些数据，我进行分类，然后制作树状图。

问题与美学有关，特别是；（1）如何根据组的数量进行切割（在这个例子中我想要3个），（2）使组标签与树的分支对齐，（2）重新缩放以便没有任何巨大组间差距

更多关于 (3)。我的数据集物种非常丰富，大约有 1000 个组没有切割。如果我在 3 处切割，这棵树的右侧有一些树枝，右侧有一“英里”，我想重新缩放以使其更接近。所有这一切都可以通过外部程序实现，但我想在 r 中完成这一切！

5. 如果您可以将平均轮廓宽度图嵌套在该图的右上角，则可以加分

这是使用虹膜数据的示例

我想在树状图底部为树状图的节点着色-但在单独的行中下面链接中的最后一个树状图将节点显示为彩色-但是当它是一个大数据集时，一行变得非常脏 标签和r中的彩色叶子树状图 那么每个彩色组是否可以有单独的行？

我想知道对于给定的深度截止，dendrogram我可以为低于该深度截止的每个分支获取作为其后代的所有叶子名称的列表的方式是什么。

例如我创建这个dendrogram：

绘制它使用dendextend：

并将深度截止定义为 14.5：

我的清单应该是：

我创建了一个分类并将 iris 数据集分为三类。之后，我想将类（颜色）与数据集中的观察结果联系起来。我尝试使用一个cutree函数。结果，我得到了从 1 到 3 的类和从 1 到 3 的分支，但它们并不相同 - 第一类是第三个分支，第二个类是第一类，第三类是第二个分支。如何正确链接输出类（基于cutree）和绘图中的分支？

我想折叠dendrogram给定公差截止的分支。

我正在遵循dendextend的collapse_branch 例子。

与示例dendrogram中dendextend的 s不同，我想用三角形替换所有折叠的分支（即垂直红色虚线的任何进化枝），类似于图中进化枝的呈现方式（来自此链接）：

如果这要求太多，我会满足于在公差截止处切割树枝。

对于给定的深度截止，我有dendrogram它cut的分支。然后我想使用它来绘制它ggplot并限制翻转的 y 轴：

我保存树状图的深度以限制绘图：

我剪了dendrogram

我dendrogram使用dendextend

在不限制 y 轴的情况下绘图gg.dend会产生不在同一行结束的分支：

所以我想我可以通过将 y 轴限制在dend.depth和之间来解决这个问题depth.cutoff。但这并不好：

任何想法？

我给出了hclust帮助提供的示例数据：

当您绘制此图时，站点标签是垂直的 - 这适用于此示例，因为它们使用长名称。但是，我的数据被简单地标记为A1,A2等，当我绘制图表时，看起来没有必要进行垂直标记。

我知道对于垂直树状图，las=2和 也srt = 90可以旋转 y 轴标签 text()，但这似乎不会影响该hclust图中的标签。

如何将此图的站点标签旋转为水平？

谢谢

大概很简单，

我有一个dendrogram：

我想用来从每个in 中dendrapply提取，因为它遍历in 。height attributenodemy_denddendrogrampre-order

尝试dendrapply的例子my_dend：_

它不返回值，而是打印我需要的信息pre-order。我认为只是得到height attribute返回很简单：

但显然我错了。

任何想法？