问题标签 [dendextend]

最初，我尝试使用来自dendextend 的colored_bars 将水平颜色侧栏添加到树状图（而不是整个热图）。

下面的代码（感谢您的帮助，Tal！）运行良好。剩下的唯一问题是如何控制栏与叶子标签的距离和栏的宽度？

这是一个例子，数据和代码
数据（4个变量，5个案例）

我正在使用 hclust() 根据 R 中的 20,000 行 x 169 列数据集对距离矩阵进行聚类。当我将集群对象转换为树状图并绘制整个树状图时，即使我将其输出为相当大的 pdf，也很难阅读，因为它太大了。

我想指定截断树状图的簇数 (k)，然后仅在 k 个分割点上方绘制树状图的上部。我知道我可以使用函数 cut() 根据指定的高度 (h) 绘制上部。

我也知道我可以使用 dendextend 包为 k 组的树状图着色。

但是对于我的数据集，这个树状图太密集了，甚至无法读取哪个组是哪个颜色。有没有一种方法可以通过指定 k 而不是 h 来仅绘制切割点上方的树状图的上部？或者有没有办法在给定 k 的情况下获得树状图的 h 值？

我正在尝试将此树状图分为 3 组：（T24、T1、T17 等）、（T12、T15、T6 等）和（T2、T8、T3、T9）

我曾尝试使用 cutree(hc, k=3, h=400) ，但它继续制作相同的组。任何帮助是极大的赞赏。这是我的代码。

我用 cutree() 将我的 hclust() 树聚类成几个组。现在我想要一个函数来 hclust() 几个 groupmembers 作为 hclust() ...另外：

我将一棵树分成 168 个组，我想要 168 个 hclust() 树……我的数据是 1600*1600 矩阵。

我的数据太大了，所以我举个例子

现在我想绘制 18 棵树……一组一棵树。我已经尝试了很多..

我想计算我的聚类分析解决方案对实际距离分数的拟合程度。为此，我需要提取我正在聚类的刺激之间的距离。我知道在查看 树状图时我可以提取距离，例如 5 到 -14 之间是 0.219（它们连接的高度），但是有没有一种自动方法可以从 hclust 中的信息中提取距离目的？

考虑一个简单的树状图

如何注释节点上的距离（高度）？我查看了该dendextend软件包，但它没有提供这样的功能。但是，我知道我可以列出这些距离

非常感谢任何帮助。

我为一个项目做了一个分层集群。我有 20 个变量中的每一个有 300 个观察值。我对所有变量进行了索引，以便每个变量都介于 0 和 1 之间，值越大越好。

我使用以下代码创建了一个聚类图。

现在节点的标签在行名中，数字 1 到 300（见上图）。在分析过程中，我删除了数据框中标有“地理”的第一列（见下图），因为它们是文本中的城市名称，会搞砸分析。但是我真的需要在正确的位置获取集群图上的城市名称，因为我需要根据结果选择城市列表。

我应该写什么代码来将“地理”列中的城市名称插入到这个图中，对应于它们的行名？

从数据框（下图）中可以看出，所有城市名称都按字母顺序排列，整齐地按升序排列，就像行名一样。我确信将城市名称放在情节上并不难，我只是通过谷歌搜索和四处询问找不到它。

从使用现有列着色树状图分支的问题，我可以为树状图叶子附近的分支着色。编码：

生成一个树状图，如下所示： 但是，我想将分支向上着色，直到当前分支中的所有叶子都具有相同的标签。即使有单个不匹配切换到默认颜色黑色。我希望生成的树状图看起来像

我想要的与使用color_brancheslike没什么不同

因为它基于自己的集群而不是基于某些外部标签来着色。

我可以使用创建树状图

但是我想删除左侧的高度信息比例，如下图所示。 我的猜测是它应该非常微不足道，但我无法找到一种方法来做到这一点。我不想要的一种解决方案是使用ggplot2如下：

这是因为我会丢失一些格式，比如color_bars()

data我想为具有 7 列（2 因子，5 num）的数据框绘制树状图。第一列包含 7 个不同国家的名称，在接下来的列中，我收集了表征每个国家的不同参数（如人口、GDP 等）的数据。在最后一列中，一个因子变量分配了各个国家所属的大陆。

这是数据

现在我想要获得的树状图应该具有以下特征：

1. 离开标签应根据大陆成员进行着色
2. 叶子应根据各自的国家/地区进行标记（不是数字）
3. 簇周围应该有矩形

我已经尝试了dendextend可以​​在这里找到的包https://cran.r-project.org/web/packages/dendextend/vignettes/introduction.html#setting-a-dendrograms-branches但上面的 2. 和 3.特征似乎不能同时起作用。我的代码看起来像这样（在标准化data为之后norm）

但它会产生以下错误

data$Country 中的错误：“闭包”类型的对象不是子集

你能帮助我吗？