问题标签 [dendextend]

我正在尝试使用一个名为dendextend 的很棒的R 包来绘制一个树状图并根据一组先前定义的组为其分支和标签着色。我已经阅读了您在 Stack Overflow 中的答案，以及 dendextend vignette 的常见问题解答，但我仍然不确定如何实现我的目标。

假设我有一个数据框，第一列是用于聚类的个人姓名，然后是几列要分析的因素，最后一列是每个人的组信息（见下表） .

如何根据每个人所属的组为代表每个人的分支和标签着色，即使它们可能聚集在不同的块中？

如果可以做到这一点，有没有办法定义分配给每个组的颜色？

我希望可视化聚类算法的表现如何（具有一定的距离度量）。我有样本及其相应的类。为了可视化，我进行了聚类，并希望通过聚类中的项目为树状图的分​​支着色。颜色将是层次集群中大多数项目对应的颜色（由数据\类给出）。

示例：如果我的聚类算法选择索引 1,21,24 作为某个集群（在某个级别），并且我有一个 csv 文件，其中每一行都包含一个类号，例如 1,2,1。我希望这条边的颜色为 1。

示例代码：

编辑：另一个示例部分代码

我正在尝试使用我的数据集中指定的行名来标记我的树状图。

我正在使用包：带有以下代码的 hybridHclust。

样本表（DATASET，我希望我使用的是正确的格式）

现在我删除了原始 excel 工作表所需的 UID 列，但聚类分析不需要：

现在桌子是

并且行号名称 (1, 2, 3) 在 R studio 中消失并替换为列出的条件。

当我运行它时，我将行号作为树形图上的标签，但我需要行名称（Conition1、Condition2、Condition3）并且它们需要对应于它们各自的数据（不应该只是按数字顺序）。这可能还不错，但我的实际数据集有 400 多个条件进行比较，每个条件有 4000 多个变量，并且列表将继续增长，因此手动输入名称是不可行的。

谢谢大家，我欢迎在发布到本网站时反馈任何格式问题。

我正在使用 dendextend 创建一个树状图，并希望将叶子设置为彩色符号。

制作一个简单的树状图

设置离开_pch 工作正常

按预期绘制

但是当我添加颜色时，pch 值会转换为字符

导致绘图问题

有解决方法吗？我确定我错过了一些简单的东西......

我正在尝试绘制组成数据的圆形树状图。使用以下代码：

我可以通过正确的标签顺序获得我想要的正常树状图。

但是当我跑步时circlize_dendrogram(dend)，我得到了这个：

让我烦恼的是中间的树状图 - 当我不使用树状图的顺序作为标签时（即只是打字labels(dend) <- hydro$River），内部的树状图很好，一切看起来都很好。

我尝试更改labels_track_height和dend_track_height设置无济于事，当我在较小的玩具数据集上运行相同的过程时，不会出现此问题。

有任何想法吗？

使用 dendextend 库时，有没有办法控制树状图的大小或整体分布？我正在使用 dendextend 库来为我的树状图的标签着色。当我在不使用dendextend 库的情况下绘制集群时，该图看起来不错。我猜dendextend 的默认设置与常规绘图不同。

我正在尝试控制树状图的顺序和颜色。显然，树状图的重点是按相似性排序，但在分支中，我想设置一个有意义的顺序（字母数字）。

我的数据标签是文本，但它们确实在变量中列出了固定顺序

1）我想找到一个根据site_order分支内对树状图进行排序的解决方案。

例如 A1,B1,A2,C1,C2,D2,A3,B2,B3,C3

我还想使用site_type 例如（A=红色圆圈，B=蓝色正方形，C=绿色三角形，D=黄色十字） 对标签进行着色和形状

这可能吗？

我有一个带有叶子和节点标签的树状图（class=phylo，使用 read.tree 读入）。将其转换为树状图类后，节点标签不再存在。但是，我想通过在某些节点的顶部显示标签（即以 NODE_1 等形式在选定的集群顶部）来绘制树状图。

有谁知道如何将节点标签添加到树状图类并将它们添加到图中？类似这样的东西，但不是数字，而是 id-s 或标签，并且只有一些选择的节点具有标签。

Objective: Create a dendrogram with branches colored by a factor variable with the resultant plot containing a legend to translate the branch colors to each factor variable value.

I have some data with factor variables followed by the numeric data that I am creating a dendrogram with:

The data dimensions are: 161 x 60,739. With this data I have achieved a dendrogram with colored branches but no legend, and a dendrogram with colored labels (not branches) with a legend. I would like to combine the two.

Create dendrogram with colored branches but no legend:

Create dendrogram with colored labels (not branches) and a legend:

Examples of the respective outputs: Colored branches; Colored labels with legend.

Any help is appreciated. Thanks!

我想R function根据给定的树状图对象、指定的簇数和颜色向量为树状图中的分支着色。我想使用base R而不是dendextend.

使用此答案中的确切代码：https ://stackoverflow.com/a/18036096/7064628到类似问题：

在上面的代码中，您必须手动选择分支来重新着色它们。我想要一个函数来找到k最高的分支并为它们（以及它们的所有子分支）改变颜色。到目前为止，我尝试迭代地搜索最高的子分支，但这似乎是不必要的困难。如果有一种方法可以提取所有分支的高度，找到k最高点，然后更改edgePar每个分支的高度，那就太棒了。