问题标签 [dendextend]

我正在研究树状图

然后我收到的消息是：

我正在使用此链接根据类别绘制带有彩色标签的漂亮树状图。第二个答案是我在这个链接中看到的（Tree cut and Rectangles around clusters for a Horizo​​ntal dendrogram in R），它使用下面的代码：

我想剪掉一些集群，因为我有 16 个集群，有 145 个标签，这样我就只能查看几个集群，因为我只想聚焦/剪切/放大其中几个。有什么办法吗这个在 hclust 对象上。这只是为了有一个很好的可视化效果，因为这个数字有 145 个标签。因为我想根据标签着色，我认为 ggdendro 非常适合。

例如在此链接中，如果您查看 3)放大树状图 http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html

我想进行层次聚类并使用热图绘制经典树状图。在 R 中使用 heatmap.2 或 heatmap.3 相当容易，并且在 python 中似乎也相当容易。但是，我并没有真正找到一个好的解决方案是树的注释。

理想情况下，我想根据元数据对我的分支进行颜色编码。假设我有 5 种不同类型的约 10k 行，在聚类之后，我想可视化这些类型如何组合在一起。由于数据量大，给每一行加标签是不可行的。

根据簇/距离为树着色似乎并非不可能，但这并不是我真正想要的。

颜色的分类向量可以是单独的列或行名的一部分

R och Python 中的解决方案并不重要。谢谢！

编辑：

例子：

输出：这里

期望的输出：这里

我已经聚集了一些数据r并将结果绘制为树状图。我现在想知道的是如何更改标签的颜色，以便相同的标签具有相同的颜色。

我使用以下代码得到了我的树状图：

生成的树状图如下所示：

我现在想做的是用相同的颜色为所有相同的标签着色，例如。全部2010为黄色，全部2011为蓝色，依此类推。我已经研究了很多，但大多只找到了根据它们所在的集群为标签着色的方法。有人知道我怎么能做我想做的事吗？

我在 R 中有一个树状图。它基于使用 hclust 的层次聚类。我正在为不同颜色的标签着色，但是当我尝试更改我的 dedrogram 的标签（到集群所基于的数据帧的行）时，使用dendrogram = dendrogram %>% set("labels", dataframe$column)标签被替换，但位置错误。例如：

我的树状图如下所示：

当我现在尝试更改上面指定的标签时，标签会更改，但它们会按照数据框中的顺序从左到右应用。如果我们假设我的原始数据框看起来像这样

我想要的是这样的：

但我实际得到的是：

数据的聚类及其转换为树状图的过程​​如下：

谁能告诉我如何根据索引用另一列的值标记我的树状图？

我了解如何将彩色条添加到 deendextend 图中，但是当我设置 horiz=T 时，条被绘制在错误的轴上。

dendextend 简介中的示例显示了如何将彩色条添加到绘图中：

当我执行上面的代码时，我看到了这个图：

coloured_bars 绘制很好的例子

但是，当我输入

这就是我所看到的：

coloured_bars 情节不好的例子

是否可以将彩色条移动到树的叶节点旁边的轴上？

我正在绘制 WGCNA 包中 moduleeigengenes 的树状图，我想订购/交换分支。我使用该plotEigengeneNetworks函数来绘制它，但无法定义分支的顺序。我知道有dendextend用于修改树状图的包，但这不适用于plotEigengeneNetworks函数产生的输出。对于如何实现这一目标的任何建议，我都会有所帮助。

例子：

我正在使用 Sparcl 包（https://cran.r-project.org/web/packages/sparcl/sparcl.pdf）在 R 中绘制树状图。在我的具体问题中，我根据一个标准对组进行聚类，我想通过基于另一个标准的着色来可视化（这样做的目的是表明集群与另一个特征重合（或不重合）。我已经能够使用 Sparcl 包做到这一点，以突出显示我想强调：

如果我使用标准绘图功能进行绘图，我可以使用 hang 和 cex 控制各种参数，例如标签和文本大小（但不能为任何分支着色）（在图片中这是“Dendrogram 1”）：

另一方面，如果我使用 Sparcl 中的 ColorDendrogram 函数进行绘图，我可以获得彩色树状图，但会丢失格式选项（在图片中这是“Dendrogram 2”）：

当我使用 hang 和 cex 来控制文本大小和位置时，ColorDendrogram 给了我错误。 我的问题

有谁知道如何解决这个问题，无论是在 Sparcl 包中还是在另一个包中？我想拥有 ColorDendrogram 所具有的颜色灵活性，但又不会失去格式化功能。

我想提取树状图或集群节点的层次结构。

例如在下一个示例中：

节点根据它们在树状图中的位置进行分类（见下图）

（图摘自dendextend包的教程）

我想将每个最终叶子的所有节点作为下一个输出：（标签从左到右，从下到上排序）

提前致谢，

我正在尝试将颜色侧栏添加到热图列。

我的案例/样本属于不同的组/类别（例如，样本是许多基因在各种细胞中表达的结果，而组是不同的物种）。

我希望颜色侧栏能够反映不同的物种。该列已按单元格类型标记。我知道我可以为不同的物种（使用 if 和 else）一一分配不同的颜色，但是拥有超过 20 个物种和超过 200 个样本是不切实际的。同样，按组对数据进行排序并将不同的颜色分配给例如样本 1 到 10、11 到 25 等是不切实际的......

我发现，我的组名列as.character(as.numeric(data[,XXX])在哪里可以正常工作。XXX然而，它提供了令人震惊的颜色。任何建议如何应用例如彩虹色的几种色调？

colCol fromheatmap.2似乎是合适的，但在使用时它会忽略相同的类/组并分配例如所有样本的调色板......

除上述内容外，我想知道仅绘制树状图时如何做同样的事情。它似乎更复杂......将不胜感激任何帮助！