问题标签 [dendextend]

在 R 中使用此代码，

我明白了：

那么，如何缩短这些行。这种方式几乎是不可读的。

是的，我的标签的排序就像我的 distanceMatrix.csv 的第一行一样。此顺序与 distanceMatrix 内部的关系无关。我的意思是，树状图没问题，但标签的值不是正确的。

谢谢

我已经使用 R 中的函数完成了热图heatmap.2，gplots但我不知道如何为每个组的分支和刻度标签着色（例如，如果我将树切割成像我的第二个图中那样有四个组） . 我已经检查过是否可以使用dendextendpackage 单独为树状图着色。

这里还有一个热图：使用彩色树状图在 R 中选择 heatmap.2 中树状图的叶节点数，但我无法在我的示例中实现它。

有人可以帮我解决这个问题吗？

更新

这是我的热图：

我想根据他们的四个组有一个这样的带有分支和刻度标签的颜色（这个图是用 Illustrator 编辑的以解释这个问题）：

这是我使用的数据和代码：

数据

代码

从一个数据框data.main，我可以生成一个hclust树状图，

此外，我知道有一些方法可以使用树木截断来为树枝或树叶着色。但是，是否可以根据部分列名或列号为它们着色（例如，我希望对应的分支aa1为aa2红色和bb1蓝色bb2）？

我已经检查了 R 包dendextend，但仍然无法找到直接/简单的方法来获得所需的结果。

I am new to R, and I am trying to construct a horizontal and vertical labelled dendrogram using dist() and hclust(). I have constructed six different types but cannot seem to add labels. Thank you if anyone has any suggestions.

I have tried many different ways to label these dendrograms without success, using as.dendrogram(), colnames(), rownames(), and label(). However, the output dendrograms have senseless labels. I am trying to label the dendrograms by "Family" - "X22", "X4", "X75", "X87". Below are the different methods which were applied, without avail.

Here is the dataframe:

This code produces this matrix. However, it is not labelled

These are my attempts to add labels

我有一个名为family 1（下）的数据框。该数据将用于构建树状图和主成分分析。我想控制 dist() 和 promp() 对象中的项目名称，它们使用行名来指示项目之间的关系（即相异矩阵）。我通过系统地命名行（下面的代码）创建了一系列不同的树状图。但是，我的姓是字母数字“X22”、“X2”、“X75”和“X87”，并且每一行都不同，因此 R 似乎被它们混淆了。数据框将非常大，并且系统地命名行将是详尽的。数据框中的每一行都可以用不同的姓氏标记和排序（即，“X22”、“X87”、“X22”、“X4”、“X22”......）。在下面的示例中，我使用 ddply() 组织了姓氏。我要问的问题是如何使用列标题“家族”下包含的正确对应家族名称重命名这个大型数据集中的行名。然后，当使用 dist() 和 promp() 时，我可以从数据框中提取列“Family”，并仅依靠行名称来指示家庭之间的 SBI.x 值的不同关系。

我在 R 中有一个 24 行 10,000 列的数字矩阵。该矩阵的行名基本上是文件名，我从中读取了与 24 行中的每一行对应的数据。除此之外，我还有一个包含 24 个整体的单独因素列表，指定 24 个文件所属的组。有 3 组 - 醇、烃和酯。它们所属的名称和对应的组如下所示：

我想生成一个树状图来查看如何对矩阵中的数据进行聚类。所以，我使用了以下命令：

我得到了一个树状图。现在我想根据它们所属的组（即酒精、碳氢化合物或酯）对树状图中的文件名进行着色。我查看了论坛上发布的不同示例，例如

r中的标签和颜色叶树状图

使用ape包在R中标记和颜色叶子树状图

使用引导进行聚类

，但无法为我的数据实现它。我不确定如何将 row.names 与 MS.groups 关联起来以获取树状图中的彩色名称。

在使用 dendextend 生成树时（如https://nycdatascience.com/wp-content/uploads/2013/09/dendextend-tutorial.pdf中所述），我得到以下树

这是用于生成它的代码：

我有具有数百个节点和长标签的 hclust 分层集群对象。例如，一个家族中多个基因的同义词。见下文。

我想将hclust切割成更小的子树，然后用灵活的样式将它们可视化。在http://gastonsanchez.com/blog/how-to/2012/10/03/Dendrograms.html之后，我看到了如何切割树状图和漂亮的猿系统发育树。

我只是看不到任何将切割的树状图转换为 phylo 对象的方法。

我对任何可以呈现圆形或垂直方向的子树的方法持开放态度。

事实上，我的目标是直观地检测基因同义词中的模式，这样我就可以为它们编写类似胡子模板的东西，所以我什至愿意接受不涉及树状图的解决方案。 有一些关于纯文本的多个序列比对的 SO 帖子，但它们让我有点过头了。

我正在尝试使用 ape 包中的 plot.phylo 命令为 R 中系统发育类型图的边缘（线）添加颜色。此示例适用于“扇形”类型图，但我希望该方法与“系统图类型”或其他方法相同。

将tip.color 选项与cutree 命令结合使用，根据一组组为提示（标签）添加颜色是没有问题的。

edge.color 选项定义边缘的颜色，但在需要多种颜色时不以登录方式定义。

但是，一旦树状图的该分支用于给定组，我希望边缘与终端尖端颜色相匹配。在给定的示例中，对于红色和蓝色组，第一级边缘将保持黑色（因为它朝向两个组：红色和蓝色），但超出此范围的边缘将与最终的尖端颜色相同。

我怀疑关键在于弄清楚 as.phylo 对象中 $edge 值的顺序，但我自己无法弄清楚。谢谢。

我有一个集群列表，可以说从集群 1 到集群 3；连同他们的成员，例如下面。我想以径向格式显示集群。我正在考虑使用 ape 包中的 as.phylo 函数来显示它，但这需要创建一个 hclust 对象。如果有人知道如何做到这一点，那么非常感谢创建一个 hclust 对象或其他方式。

非常感谢！

非常感谢！

我正在使用 identify 来探索 R 中树状图中集群的特定特征。通过使用“hclust”对象，Identify 工作得非常好，但我需要它用于类“dendrogram”而不是“hclust”的水平树状图。我安装了包dendextend，它通常应该将识别功能扩展到类树状图的对象和水平树状图（ http://rpackages.ianhowson.com/cran/dendextend/man/identify.dendrogram.html）。对于我的特定数据集，识别适用于垂直树状图（类树状图），但不适用于水平树状图。我总是得到的错误是：

请在此处找到一个可重现且简化的示例：

希望有人知道如何解决这个问题。

最好的，